质谱仪是一种很好的定性鉴定用仪器，目前，在有机质谱仪中，除激光解吸电离-飞行时间质谱仪和傅立叶变换质谱仪之外，所有质谱仪都是和气相色谱或液相色谱组成联用仪器。这样，使质谱仪无论在定性分析还是在定量分析方面都十分方便。
同时，为了增加未知物分析的结构信息，为了增加分析的选择性，采用串联质谱法(质谱-质谱联用)，也是目前质谱仪发展的一个方向。也就是说，目前的质谱仪是以各种各样的联用方式工作的。
质量分析器种类很多，最常用的是四极杆分析器(简写为Q)，其次是离子阱分析器(Trap)和飞行时间分析器(TOF)。为了增加结构信息，大多采用具有串联质谱功能的质量分析器,串联方式很多，如Q-Q-Q，Q-TOF等。
一、十种质谱的比较
（一）四极杆质谱仪，QMS
QMS是最常见的质谱仪器，定量能力突出，在GC-MS中QMS占绝大多数。
优点：结构简单、成本低；维护简单；SIM功能的定量能力强；是多数检测标准中采用的仪器设备。
缺点：无串极能力，定性能力不足；分辨力较低(单位分辨)，存在同位素和其他m/z近似的离子干扰；速度慢；质量上限低(小于1200u)。
（二）飞行时间质谱仪，TOFMS
TOFMS是速度最快的质谱仪，适合于LC-MS方面的应用。
优点：分辨能力好，有助于定性和m/z近似离子的区别，能够很好的检测ESI电喷雾离子源产生多电荷离子；速度快，每秒2～100张高分辨全扫描(如50～2000u)谱图，适合于快速LC系统(如UPLC)；质量上限高(6000～10000u)；
缺点：无串极功能，限制了进一步的定性能力；售价高于QMS；较精密，需要认真维护。
（三）三重四极杆质谱仪，QQQ
QQQ质谱给四极杆质谱仪在保留QMS原有定量能力强的特点上，提供了串级功能，加强了质谱的定性能力，检测标准中常作为QMS的确认检测手段。
优点：有串极功能，定性能力强；定量能力非常好，MRM信噪比高于QMS的SIM；是常用的QMS结果确认仪器；除一般子离子扫描功能外，QQQ还具有SRM、MRM、母离子扫描、中性丢失(Neutral loss)等功能(离子阱不行)对特征基团的结构研究有很大帮助。
缺点：分辨力不足，容易受m/z近似的离子干扰；售价较高；需要认真维护。
（四）四极离子阱，QTrap
技术上而言，在传统QQQ的四极杆中加入了辅助射频，可以做选择性激发；或者就功能而言，为QQQ提供了多级串级的功能。
优点：同时具备MRM、SRM、中性丢失和多级串级功能，非常适合于未知样品的结构解析。
缺点：分辨力还是低了点。
（五）线性离子阱，Linear Ion Trap
传统3D离子阱的增强版本。
优点：相对于传统3D离子阱，灵敏度高10倍以上；多级串级质谱。
缺点：相对于QQQ，还是不能做MRM、中性丢失等特征基团筛选功能。
（六）四极杆飞行时间串联质谱，QTOF
QTOF以QMS作为质量过滤器，以TOFMS作为质量分析器。
优点：能够提供高分辨谱图；定性能力好于QQQ；速度快，适合于生命科学的大分子量复杂样品分析。
缺点：成本高；需要仔细维护。
（七）离子阱-飞行时间质谱，Trap TOF
以3D离子阱作为质量选择器和反应器，结合了离子阱的多级质谱能力和飞行时间质谱的高分辨能力。
优点：同时具有多级串级和高分辨能力，适合于未知样品的定性工作，如糖蛋白的定性。
缺点：由于离子阱容量限制，对于混合样品的灵敏度欠佳；定量能力弱。
（八）磁质谱，Sector MS
磁质谱的定量能力是各种质谱中最强的。现在已较少使用，仅用于地质元素和痕量二恶英的检测。
优点：技术经典、成熟，NIST等MS库采用的仪器；分辨力非常好(100k，m/&Delta m FWHM)，干扰少；灵敏度高，定量能力是各种质谱中最好的。
缺点：体积、重量大；售价很高；速度慢；维护复杂，很费电。
（九）傅立叶变换质谱仪，FT-ICR-MS
据说是质谱中的贵族，质量精度超级好，几个月都不需要校正。但是价格也是贵的让人心寒啊。傅立叶变换质谱仪的分辨能力最高，常作为高端科学研究的装备。
优点：能够做多级串级，定性能力极好；分辨力极高；灵敏度很好；
缺点：体积重量大；售价极高；速度也较慢；维护费用非常昂贵。
（十）静电场傅立叶变换质谱，Orbitrap
优点：高分辨，60k～120kFWHM，质量精度高；相对FT-ICR而言，价格稍低(～450kUSD)；
缺点：不能单独做串级；分辨力、灵敏度、质量稳定性等离FT-ICR还有距离。
目前，质谱联用技术已经非常成熟，凭借其应用范围广、灵敏度高、分析速度快、信息量大、重现性好等特点被广泛应用于食品、药学、环境等领域。
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