液相色谱中的许多问题都能在谱图上反映出来，其中有一些问题可以通过改变设备参数得到解决；而其他的问题必须通过修改操作程序来解决。对于色谱柱和流动相的正确选择是得到好的色谱图的关键。而面对常常发现的HPLC谱图异常的问题，如何做到真正解决问题，则需坚持这几个原则：一具体问题具体对待原则：二先外设后内部原则：三由简而繁原则：四单一处理到综全处理原则。
一、拖尾峰
1、筛板阻塞:柱子两头的过滤筛板如果堵塞，样品就会在筛板部分受阻而形成时间延迟，使得样品在柱后流出时峰型形成拖尾。需要通过反冲色谱柱，或者更换筛板。
2、色谱柱塌陷:是指色谱柱由于其它原因引起了柱效率丧失，不能对物质形成保留，使得物质不在固定相上保留而随流动相流出，但是又还有一点柱效，因此形成拖尾。需要重新填充色谱柱或者更换色谱柱。
3、有污染:即样品不在同一起跑线起跑，从后面开始跑得到达终点稍晚，表现出拖尾。更换色谱柱或者采用有机溶剂梯度洗脱1h以上，以冲洗柱子。
4、流动相PH值选择错误:如某PH下有的样品存在分子型和离子型的动态平衡，离子型的陆续向分子型转化就会表现出拖尾。调节PH值可抑制分子解离，改善拖尾，对于碱性化合物，相对较低的PH值更有利于得到对称峰。
二、前沿峰
1、样品过载:被保留的样品在正常出峰时间前陆续出来，形成前沿峰。降低样品含量。
2、样品溶剂选择不恰当:当样品溶剂的洗脱能力大大强于流动相时会出现前沿峰，例如，在反相色谱中用已腈做样品溶剂，而流动相的洗脱力较弱时会出现前沿峰。选择流动相或者接近流动相的比例作为样品溶剂。
3、色谱柱损坏:色谱柱柱效损失，不能对物质形成保留。更换色谱柱。
4、假象前沿峰:在大峰前有小峰出现,假象前沿峰，即大峰前包埋了没有分开的小峰。调整流动相洗脱梯度。
三、基线漂移
1、柱温波动:即使是很小的温度变化都会引起基线的波动，通常影响示差检测器、电导检测器、较低灵敏度的紫外检测器或其它光电类检测器。使用柱温箱，控制好柱子和流动相的温度，在检测器之前使用热交换器。
2、流动相不均匀:流动相条件变化引起的基线漂移大于温度导致的漂移。使用HPLC级的溶剂，流动相在使用前进行脱气处理。
3、流通池被污染或有气体:用甲醇或其他强极性溶剂冲洗流通池。如有需要，可以用1N的硝酸（不要用盐酸）。
4、流动相配比不当或流速变化:更改配比或流速，为避免这个问题可定期检查流动相组成及流速。
5、样品中有强保留的物质:以馒头峰样被洗脱出，从而表现出一个逐步升高的基线。使用保护柱，如有必要，在进样之间或在分析过程中，定期用强溶剂冲洗柱子。
四、出现宽峰
1、塔板数降低:色谱柱污染或失效，造成塔板数降低。更换同样类型的色谱柱，如果新柱子可以提供对称的色谱峰，则用强溶剂冲洗旧柱子。
2、管路太长或管路内径太大:柱子与检测器之间的管路太长或管路内径太大。更换内径较小的短管路。
3、检测器响应过大:检测器对反应时间或池体积响应过大。减少响应时间或使用更小的流通池。
五、基线噪音
1、尖锐峰:在流动相、检测器或泵中有空气。流动相脱气，冲洗系统以除去检测器或泵中的空气。
2、漏液:检查管路接头是否松动，泵是否漏液，是否有盐析出和不正常的噪音。如有必要，更换泵密封。
3、流动相混合不完全:用手摇动使混合均匀或使用低粘度的溶剂。
4、温度影响:柱温过高，检测器未加热。使用柱温箱，减少温度差异或加上热交换器。
5、偶然噪声:在同一条线上有其他电子设备，断开LC、检测器和记录仪，检查干扰是否来自于外部，加以更正。采用精密级稳压电源。
六、分离度不够
1、流动相梯度洗脱设置不合理:优化梯度洗脱程序。
2、流动相污染或变质:引起保留时间变化，重新配置流动相。
3、保护柱或分析柱阻塞:去掉保护柱进行分析，如果必要则更换保护柱；如果分析柱阻塞，可进行反冲；如果问题仍然存在色谱柱可能被强保留的污染物损坏，建议使用恰当的再生程序；如果问题仍然存在，进口可能阻塞了，更换入口处的筛板或更换色谱柱。
液相色谱柱都是按照严格的标准生产和测试的，如能按照以下信息使用和维护色谱柱，不但能得到更佳的检测结果，更能够延长色谱柱的使用寿命。
色谱柱的安装：
1、首先应确认柱和仪器的接头以及管路是否匹配。为减少死体积，进样阀、柱子、检测器之间的连接管路内径尽可能使用内径较小的管线，同时控制进样器、色谱柱和检测器之间连接管线的长度。安装色谱柱之前，确认流路系统中的溶剂是否正常。对分析较复杂的样品建议安装保护柱。
2、为了使色谱柱与仪器系统达较佳的连接效果，应尽量使用与色谱柱接口相匹配的螺帽和锥形接头，如原来的接头长期匹配其他类型的色谱柱，建议在连接新色谱柱前应检查匹配情况，避免造成色谱柱的损坏或因色谱柱不匹配造成的漏液。
3、使用PEEK材料的通用接头，只需用手拧紧不需要特定扳手，使用压力为5000psi；使用温度不得超过100℃。
流动相平衡：
1、在进行样品检测前，至少使用20倍柱体积流动相使色谱柱充分平衡。流动相一定要使用色谱级别的溶剂。如使用水相的缓冲液应当天配制以保持新鲜避免细菌产生。
2、流动相使用前需用微孔滤膜过滤,消除流动相中颗粒对色谱系统和色谱柱的损坏。缓冲液与其他流动相混合后应重新过滤避免溶解度变化造成产生新的沉淀。不应使用纯水作为流动相冲洗C18色谱柱，以免柱性能损坏（添加5％的有机溶剂冲洗色谱柱，同时可以达到对缓冲盐清洗的作用。还可以使色谱柱更容易平衡）。
3、流动相需脱气后使用，可避免因气泡导致的泵和检测器的工作不正常。如果测试时使用的流动相与色谱柱保存使用的流动相有较大区别，应该使用过度分布的形式进行平衡。避免由于流动相的突然变化造成柱压增加过大或流动相缓冲盐结晶造成对色谱柱和仪器系统的损坏。正相色谱柱比反相色谱柱需要更长的平衡时间。
样品制备与操作：
1、样品应当尽可能溶解在能与流动相相互溶的溶剂中。除特殊指明外，如使用强溶剂溶解样品柱子的分辨率将可能降低。
2、样品溶液在进样前应使用针头式过滤器对样品预先过滤。频繁改变流动相组成，会加速降低柱效。
3、色谱柱由高压匀浆法装填，能承受较高压力。为获得较佳分离效果，使用时请不要超过200kgf，而且避免压力突然上升或变化，否则会造成硅胶填料的破坏，减少色谱柱的使用寿命。除特殊要求外最高操作温度不要超过60℃。
保存色谱柱：
1、如果流动相含有酸或无机盐，应当先用去离子水（20倍柱体积）冲洗干净。然后用用100％乙腈或甲醇保存色谱柱。最后用柱子的接头密封，并放在稳定的环境中存放。
2、应避免色谱柱受到直接的机械冲击或摔落，避免造成色谱柱性能的降低。
色谱柱的再生：
1、用相当于20倍柱体积的溶剂按下列顺序冲洗柱子，建议按柱子的箭头方向冲洗，尽可能不反冲：冲洗时使用的的参考溶剂顺序是水、甲醇、氯仿、异丙醇、甲醇。
早期使用隔膜和停流进样器，装在色谱柱进口处。现在大都使用六通进样阀或自动进样器。
进样装置要求：密封性好，死体积小，重复性好，保证中心进样，进样时对色谱系统的压力、流量影响小。HPLC进样方式可分为：隔膜进样、停流进样、阀进样、自动进样。
1.隔膜进样。
用微量注射器将样品注进专门设计的与色谱柱相连的进样头内，可把样品直接送到柱头填充床的中心，死体积几乎即是零，可以获得较佳的柱效，且价格便宜，操纵方便。但不能在高压下使用(如10MPa以上);此外隔膜轻易吸附样品产生记忆效应，使进样重复性只能达到1~2%;加之能耐各种溶剂的橡皮不易找到，常规分析使用受到限制。
2.停流进样。
可避免在高压下进样。但在HPLC中由于隔膜的污染，停泵或重新启动时往往会出现“鬼峰”;另一缺点是保存时间不准。在以峰的始末信号控制馏分收集的制备色谱中，效果较好。
3.阀进样。
一般HPLC分析常用六通进样阀(以美国Rheodyne公司的7725和7725i型常见)，其关键部件由圆形密封垫(转子)和固定底座(定子)组成。由于阀接头和连接管死体积的存在，柱效率低于隔膜进样(约下降5~10%左右)，但耐高压(35~40MPa)，进样量正确，重复性好(0.5%)，操纵方便。
4.自动进样。
用于大量样品的常规分析。
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