质谱仪扫描方式有两种，全扫描与选择离子扫描：

　　全扫描是对指定质量范围内的离子全部扫描并记录,得到的是正常的质谱图,这种质谱图可以提供未知物的分子量和结构信息。可以进行库检索。　　质谱仪还有另外一种扫描方式叫选择离子监测(SelectionMoniringSIM)。此种扫描方式是只针对选定的离子进行检测，而其它离子不被记录。　　它的最大优点：　　一、对离子进行选择性检测　　只记录具有特征的、感兴趣的离子，不相关的，干扰离子统统被排除;　　二、选定离子的检测灵敏度大大提高　　在正常扫描情况下，假定一秒钟扫描2～500个质量单位。那么，扫过每个质量所花的时间大约是1/500秒，也就是说，在每次扫描中，有1/500秒的时间是在接收某一质量的离子。在选择离子扫描的情况下，假定只检测5个质量的离子，同样，也用一秒，那么，扫过一个质量所花的时间大约是1/5秒。也就是说，在每次扫描中，有1/5秒时间是在接收某一质量的离子。因此，采用选择离子扫描方式比正常扫描方式灵敏度可提高大约100倍。由于，选择离子扫描只能检测有限的几个离子，不能得到完整的质谱图，因此，不能用来进行未知物定性分析，但是，如果选定的离子具有很好的特征性，也可以用来表示某种化合物的存在。选择离子扫描方式最主要的用途是定量分析，由于它的选择性好，可以把由全扫描方式得到的非常复杂的总离子色谱图变得十分简单。消除其它组造成的干扰。