液相色谱仪分离的目的必须十分明确，下面的问题在建立方法之初就应确定： （1）主要目的是什么？定量或定性，还是定性、定量同时做？； （2）是否有必要解析出样品的所有成分？譬如可能有必要分离出产品中的所有降解物或杂质，以使含量测定结果更加可靠，但却没必要将它们彼此完全分开。 （3）如要求定量分析，准确度与精密度需多大？样品主要成分的精密度通常能达到±1—2%，特别是不需样品预处理的情况。 （4）特殊化合物可能会以不同的样品形式出现（如：原料药，一种或多种形态，环保样品等）。是否需要一种以上的HPLC方法？单一方法分离不同形态样品是否理想？ （5）一次将分析多少样品？当必须同时处理大量样品时，运行时间将变得非常重要。 有时甚至为了缩短运行时间而以牺牲样品分离度作代价，如缩短柱长或加快流速。当一次分析的样品数目超过10个，运行时间一般应控制在20min以内。 （6）将要使用该方法的实验室中，有哪些HPLC设备？色谱柱能否恒温系统能否做梯度洗脱？该方法是否可在不同设计与生产的设备上运行？ 方法建立实验开始之前，应明确对方法的这些要求。
一、流动池内有气泡：
如果有气泡连续不断地通过流动池，将使噪音增大。如果气泡较大，会在基线上出现许多线状峰。这是由于系统内有气泡，需要对流动相进行充分的除气，检查整个色谱系统是否漏气，再加大流量驱除系统内的气泡。
二、流动池被污染：
无论参比池或样品池被污染，都可能产生噪音或基线漂移，要注意溶剂的互溶性。如果污染严重，需要依次采用1mol/L硝酸、水和新鲜溶剂冲洗，或取出池体进行清洗，或更换窗口。
三、光源灯出现故障：
紫外或荧光检测器的光源灯使用到极限或者不能正常工作时，可能产生严重噪音，基线漂移，出现平头峰等异常峰，甚至使基线不有回零，这时需要更换光源灯。
四、倒峰：
倒峰的出现可能是检测器的极性接反，改正后即可变成正峰。
用示差折光检测器时，如果组分的折光指数低于流动相的折光指数，会出现倒峰，需要选择合适的流动相。
如果流动相中含有紫外吸收的杂质，使用紫外检测器时，无吸收的组分会产生倒峰，因此，必须用高纯度的溶剂作流动相。
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