生物显微镜是用来观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养、流质沉淀等的观察和研究，同时可以观察其他透明或者半透明物体以及粉末、细小颗粒等物体。
它的正常使用离不日常维护，包括：
生物显微镜的安放应选择干燥清洁的房间，以避免光学部件发霉、金属部分生锈以及粘满灰尘。显微镜使用完毕后，即放回箱（柜）内，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操剂。
生物显微镜不可与腐蚀性酸类、减类或挥发性强的化学药品放在一起，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片;若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。
但由于进行中药显微鉴定时，经常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，防止液体流到载物台上，吏不要沾到物镜上。
不要自行拆卸生物显微镜各部件;镜筒要插上接目镜或益上镣苗盖，避免灰尘从镜筒上部进入;透镜表面不要用手指碰触或拭擦，如有灰尘，先用柔软毛笔轻轻拂去，再用柔软的清洁细布拭撩，也可用擦镜纸蘸少许二甲苯或石油迷试擦，但注意不要在透镜表面划出条纹。
如镜片有轻度长霉，用擦绕纸擦不去时，可用棉签蘸少许70%乙醇与30%乙迷混合液轻轻拭撩。
生物显微镜不应在直射阳光下暴晒，也不要放在靠近炉子或暖气的地方，以避免过剧的冷热变化引起透镜和机件的脱胶、变形或损坏。
清洁接物镜只限于外表面。接物面被药品污染后即用撩镜纸蘸少许擦镜液拭擦（不要用乙醇）;若背面须清洁时，可用柔软毛笔拂拭，或用皮吸头吸去灰尘。
使用油镜后，须将生物显微镜镜头上的香柏油拭探干净（可用擦镜纸蘸少许二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能渗入镜头内部，否则二甲苯溶解透镜之间的粘合剂，可使镜片脱落）。
加机械部分不灵活，可用细绸布蘸二甲苯少钧：拭去锈和油腻（不得用乙醇，因为这些溶剂会侵蚀油漆），再用少许液体石服润滑;旋扭过紧不要强行扭动，以免损坏。
一、显微镜的使用规程
（一）实验时要把显微镜放在桌面上，镜座应距桌沿6～7cm左右，打开底光源开关。
（二）转动转换器，使低倍镜头正对载物台上的通光孔。然后用双眼注视目镜内，调整光源强度，把聚光镜上升，把虹彩光圈调至最大，使光线反射到镜简内，这时视野内呈明亮的状态。
（三）将所要观察的装片放在载物台上，使被观察的部分位于通光孔的正中心。
（四）先用低倍镜观察（物镜10×、目镜10×）。观察之前，先转动粗准焦螺旋，使载物台上升，使物镜逐渐接近切片。需要留意，不能使物镜触及玻片，以防镜头将玻片压碎。并转动粗准焦螺旋，使载物台慢慢下降，不久即可看到玻片中材料的放大物像。
（五）假如在视野内看到的物像不符合实验要求（物像偏离视野），可慢慢移动左右移动尺。移动时应留意玻片移动的方向与视野中看到的物像移动的方向正好相反。假如物像不甚清楚，可以调节细准焦螺旋，直至物像清楚为止。
（六）假如进一步使用高倍物镜观察，应在转换高倍物镜之前，把物像中需要放大观察的部分移至视野中心（将低倍物镜转换成高倍物镜观察时，视野中的物像范围缩小了很多）。一般具有正常功能的显微镜，低倍物镜和高倍物镜基本齐焦，在用低倍物镜观察清楚时，换高信物镜应该可以见到物像，但物像不一定很清楚，可以转动细准焦螺旋进行调节。
（七）在转换高倍物镜并且看清物像之后，可以根据需要调节光圈或聚光器，使光线符合要求（一般将低倍物镜换成高倍物镜观察时，视野要稍变暗一些，所以需要调节光线强弱）。
（八）观察完毕，应先将物镜镜头从通光孔处移开，然后将
显微镜复原。并检查零件有无损伤（特别要留意检查物镜是否沾水，如沾了水要用镜头纸擦净），检查处理完毕后即可放回原处。
二、显微镜的维护
1.必须熟练把握并严格执行使用规程。
2.取送显微镜时一定要一手握住镜臂，另一手托住底座。显微镜不能倾斜，以免目镜从镜筒上端滑出。取送显微镜时要轻拿轻放。
3.观察时，不能随便移动显微镜的位置。
4.凡是显微镜的光学部分，只能用特殊的擦镜头纸擦拭，不能乱用他物擦拭，更不能用手指触摸透镜，以免汗液玷污透镜。
5.保持显微镜的清洁，避免灰尘、水及化学试剂的玷污。
6.转换物镜镜头时，不要搬动物镜镜头，应转动转换器。
7.切勿随意转动粗准焦螺旋。使用细准焦螺旋时，用力要轻，转动要慢，转不动时不要硬转。
8.不得任意拆卸显微镜上的零件，严禁随意拆卸物镜镜头，以免损伤转换器螺口，或螺口松动后使低高倍物镜转换时不齐焦。
9.在使用高倍物镜时，不要用粗准焦螺旋调节焦距，以免移动间隔过大，损伤物镜和玻片。
10.保持显微镜的干燥。
11.用毕后，必须检查物镜镜头上是否沾有水或试剂，如有则要擦拭干净，并且要把载物台擦拭干净，按规定放好。
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