进样阀在进样过程中，必须是非常清洁的，否则得不到较好的结果。
进样阀切换到进样位置后（Inject），要在此位置上保持一段时间，使流动相充分冲洗样品定量管，这样可以保证有较高的精确度，而且不用另外再冲洗样品定量管。这种有色谱仪器控制的冲洗显然要比手动冲洗的更好些。
注意：冲洗需要的流动相体积至少为所进样品的10倍。例如，如果取20ul样品至100ul的定量管中，而流动相此时的流速为1ml/min，则需要在进样位置上至少保持12s，即：20ul×10/1000ul·min-1＝0.2min＝112s。
当样品定量管经过充分的冲洗后，可以将旋柄转回取样位置(Load)，也可以继续保持在进样位置，到下次取样前才切换回取样位置。在切换回取样位置时，将样品进样针或微量样品进样针从进样阀中拔出。
为防止交叉污染，正常情况下不必每次进样后都清洗进样阀注射针导入口。进样阀内根据专利设计的直接连接进样孔，可以使注射针头的前端直接连接到样品定量管的末端，没有其他空间供样品残留。这样在下一次进样时，就不会有上一次残留的样品进入定量管。 但是进样针头插入或拨出过程中，会有痕量的样品沉积在针头密封区域。精密的测定显示这种残留有1nl-10nl。这表明进20ul样品，会残留0.005%～0.05%。每次进样后冲洗注射针导入口可以将此残留冲洗干净。
冲洗注射针导入口的过程为：设定流动相流速为0.1ml/min～1ml/min，将注射针导入口冲洗头连接到一只体积较大的注射器上，用大量的流动相只在进样位置清洗注射针导入口。这样进入进样阀中的液体绕过样品定量管由样品溢出管口排出。这一过程可以将注射针导入口、引导管、注射针导入管和注射针密封圈彻底清洗。而采用注射器完全插入式的冲洗方式，则不能全部清洗上述部件的表面。在取样位置将注射针插入注射针导入口时，针头推动注射针密封圈内少量样品液体（上一次冲洗注射针导入管留下的）进入样品定量管。当该样品液体与所用的流动相组成不同，且同时采用部分充满定量管的进样方式时，在高灵敏度的检测器上可能出现怪峰。
所以冲洗注射针时可以用流动相冲洗。
如果已发现有严重的交叉污染现象，请检查是否有下列原因造成：
1.使用的注射针头长度不够（针头的长度至少5cm），注射针末端不能到达定子表面。 2.注射针没有充分插入注射针导入口。 3.注射针导入口的污染物或针头密封磨损下来的削片，使注射针末端不能接触定子表面。
如果不考虑交叉污染，每进样10次，或20次可以冲洗一下注射针导入口，这样可以保证注射针导入管内充满流体。在注射针插入或拔出的过程中，清洗注射针头或稀释污染这一区域的样品的同时也使注射针导入口和样品溢出口充满流体，从而防止空气进入样品管。
超高效液相色谱仪与普通高效液相色谱原理相同，因此，在使用中应注意的问题是相同的。 要想成为一个合格的色谱分析者，良好的实验规范与习惯是非常必要的。一些小细节的失误或忽视一些简单的问题往往导致实验结果不理想或损坏仪器，从而造成重大的损失。 而在使用中从最初的样品准备开始也有细节部分需要注意： 在保证目标物回收率的情况下，尽量除去样品中其它杂质。 选用合适的滤膜（滤膜有水溶型、脂溶型、通用型、超高效液相色谱用0.2?m）过滤样品，确保样品中不含固体颗粒。可以使用与初始流动相组成相同的溶剂溶解样品，在反相分析时，用比流动相极性更低的有机相；在用正相分析时，如在亲水色谱分析时，溶解样品的一定是高极性有机相，否则，会引起色谱峰的变形，比如保留时间提前、双峰等。 在保证灵敏度与准确度的前提下，进样量要尽量小。
一、 基质填料 1、正相色谱正相色谱用的固定相通常为硅胶（Silica）以及其他具有极性官能团胺基团，如（NH2，APS）和氰基团（CN，CPS）的键合相填料。 由于硅胶表面的硅羟基（SiOH）或其他极性基团极性较强，因此， 的次序是依据样品中各组分的极性大小，即极性较弱的组份最先被冲洗出色谱柱。正相色谱使用的流动相极性相对比固定相低，如正已烷（Hexane），氯仿（Chloroform），二氯甲烷（MethyleneChloride）等。 2、反向色谱反向色谱用的填料常是以硅胶为基质，表面键合有极性相对较弱官能团的键合相。反向 所使用的流动相极性较强，通常为水、缓冲液与甲醇、乙腈等的混合物。样品流出色谱柱的顺序是极性较强的组分最先被冲洗出，而极性弱的组分会在色谱柱上有更强的保留。 常用的反向填料有：C18（ODS）、C8（MOS）、C4（Butyl）、C6H5（Phenyl）等。 二、聚合物填料聚合物填料多为聚苯乙烯—二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂等，其重要优点是在PH值为1—14均可使用。相对于硅胶基质的C18填料，这类填料具有更强的疏水性；大孔的 对蛋白质等样品的分离非常有效。现有的聚合物填料的缺点是相对硅胶基质填料，色谱柱柱效较低。 三、其它无机填料其它HPLC的无机填料色谱柱也已经商品化由于其特殊的性质，一般仅限于特殊的用途。如，石墨化碳黑正逐渐成为反向色谱柱填料。这种填料的分离不同于硅胶基质烷基键合相，石墨化碳的表面即是保留的基础，不再需其它的表面改性。该柱填料一般比烷基键合相硅胶或多孔聚合物填料的保留能力更强。石墨化碳可用于分离某些几何异构体，由于在HPLC 相中不会被溶解，这类柱可在任何PH与温度下使用。氧化铝也可以用于HPLC。氧化铝微粒刚性强，可制成稳定的色谱柱柱床，其优点是可以在PH高达12的流动相中使用。但由于氧化铝与碱性化合物的作用也很强，应用范围受到一定限制，所以未能广泛应用。新型色谱氧化锆基质填料也可用于HPLC。商品化的只有聚合物涂层的多孔氧化锆微球色谱柱，应用PH1-14，温度可达100℃。由于氧化锆填料是最近几年才开始研究，加之面临的实验难度，其重要用途与优势尚在进行之中。 怎样选择填料粒度目前，商品化的色谱填料粒度从1um到超过30um均有销售，而目前分析分离主要用3和5um填料进行。填料的粒度主要影响填充柱的两个参数，即柱效和背压。粒度越小，柱压越大，柱压的增加限制了粒度小于3um的填料应用。在相同选择性条件下，提高柱效可提高分离度，但不是唯一的因素。如果固定相选择是正确，但是分离度不够，那么选用更小的粒度的填料是很有用的。3um填料填充柱的柱效比相同条件下的5um填料的柱效提高近 30%；然而，3um的色谱柱的背压却是5um的2倍。与此同时，柱效提高意味着在相同条件下可以选用更短的色谱柱，即相同的塔板数或分离能力，但是柱长更短，以缩短分析时间。另外，可以采用低粘度的溶剂做流动相或增加色谱柱的使用温度，比如用乙腈代替甲醇，以降低色谱柱的压力。
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