等电聚焦电泳色谱仪是利用蛋白质分子或其它两性分子的等电点不同，在一个稳定、连续和线性的pH梯度中进行分离，检测方法有染色法、扫描法和其它检测方法。
一、染色法：
1、考马斯亮蓝染色法。
2、银染色法。
3、同工酶染色法。
4、专一蛋白染色法。
5、荧光标记以及免疫法。
二、扫描法：
激光光源强度大，单色性好，扫描IEFE区带比较合适。
操作程序和条件必须严格相同。
三、其它检测方法：
1、电泳转移法。
2、双向电泳法。
3、滴定曲线分析法。
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根据分析对象，色谱柱的类型，操作仪器的挡次和具体检测器，若使用不合要求的低纯度气体，不良影响有以下几种可能： 1）样品失真或消失：如H2O气使氯硅样品水解； 2）色谱柱失效：H2O，CO2使分子筛柱失去活性，H2O气使聚脂类固定液分解，O2使PEG断链。 3）有时某些气体杂质和固定液相互作用而产生假峰； 4）对柱保留特性的影响：如：H2O对聚乙二醇等亲水性固定液的保留指数会有所增加，载气中氧含量过高时，无论是极性或是非极性固定液柱的保留特性，都会产生变化，使用时间越长影响越大。 5）检测器： TCD：信噪比减小，无法调零，线性变窄，文献中的校正因子不能使用，氧含量过大，使元件在高温时加速老化，减少寿命。 FID：特别是在Dt≤1Ⅹ10ˉ⒒/秒下操做时，CH4等有机杂质，会使基流激增，噪声加大不能进行微量分析。 ECD：载气中的氧和水对检测器的正常工作影响最大，在不同的供电工作方式中，脉冲供电比直流电压供电影响大，固定基流脉冲调制式供电比脉冲供电影响大。这就是为什么目前诸多在操作固定基流脉冲调制式ECD时，在载气纯度低时必须把载气纯度选择开关从“标准氮”拨到“一般氮”位置的原因。大家会发现在此情况下操作，不但灵敏度变低，而且线性亦变窄了。实践证明：在操作ECD时，载气中的水含量低于0.02ppm,氧低于1ppm时可达到较理想的性能。值得指出的是,我们多次发现由于仪器的调节气路系统被污染而造成的对载气的二次污染至使ECD基频大幅度增加使信燥比减小。 FPD和NPD等常用检测器,由于他们属于选择性检测器,操做时要根据分析要求,特别注意被测敏感物质中杂质的去除。 6）在做程序升温操作时,载气中的某些杂质,在低温时保留在色谱柱中,当拄温升高时不但引起基线漂移还可能在谱图上出现比较宽的"假峰"。 7）仪器影响 a.各类过滤器加速失效; b.调节阀（稳压阀,稳流阀,针形阀）被污染,气阻堵塞,调节精度降低或失灵； c.气路系统被污染,若要恢复仪器在高灵敏度情况下操做,有时要吹洗很长时间（可能一周以上）污染严重时有时再也无法恢复。 d.检测器的寿命,实践表明,对ECD和TCD的寿命影响最明显，应引起用户特别注意
聚丙烯酰胺凝胶电泳色谱仪是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质进行电泳分离，聚丙烯酰胺凝胶具有机械强度好、有弹性、透明、化学性质稳定、对pH和温度变化小、没有吸附、电渗作用小等特点，是一种很好的支持介质。
一、聚丙烯胺凝胶聚合方式：
聚丙烯酰胺凝胶是由单体丙烯酰胺（CH2 = CH－CO－NH2，简称Acr）和交联剂N，N′－甲叉双丙烯酰胺（CH2 = CH－CO－NH－CO－CH = CH2，简称Bis）在催化剂过硫酸铵（AP）和加速剂N，N，N′，N′－四甲基乙二胺（TEMED）作用下聚合交联而成的三维网状凝胶，凝胶孔径大小由丙烯酰胺的浓度决定。
二、电泳类型：
1、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳：
在不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时，DNA单链的迁移率除与DNA链的长短有关外，更主要的是取决于DNA单链所形成的构象。在非变性条件下，DNA单链可自身折叠形成具有一定空间结构的构象，这种构象由DNA单链碱基决定，其稳定性靠分子内局部顺序的相互作用（主要为氢键）来维持。相同长度的DNA单链其顺序不同，甚至单个碱基不同，所形成的构象不同，电泳迁移率不同。
由于分子的空间结构影响，同等大小的DNA之间的电泳迁移率可相差10%。因此，不能用非变性聚丙烯胺凝胶电泳判断DNA分子大小。
2、变性聚丙烯胺凝胶电泳：
（1）DNA变性：采用加热、极端pH、有机溶剂、尿素或甲酰胺导致DNA解链。
（2）凝胶中加入变性剂：5M的尿素，使DNA为单链线性，变性DNA的移动速度与其碱基组成和序列几乎完全无关。
变性聚丙烯胺凝胶电泳可用于DNA序列分析等。
三、应用：
聚丙烯酰胺凝胶电泳适于分离小分子量蛋白质、小于1Kb的DNA片段和DNA序列分析，装载的样品量大，分辨率高，回收DNA纯度高即能分离长度仅相差0.2%（即500bp中的1bp）的核苷酸分子。
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