从色谱原理上分类，离子色谱是液相色谱的一种，但由于离子色谱与普通高效液相色谱在结构和分析对象上有一些差异，一般作为均独立的一个色谱大类。离子色谱与高效液相色谱的差别主要从两个方面看，即仪器结构和应用范围。
在仪器结构方面离子色谱和高效液相色谱均有溶剂输送系统、进样系统、检测系统和信号记录和处理系统，但由于离子色谱和高效液相色谱所用的流动相不同，检测方式不同及信号处理的要求不同，在各部件上有一些差别，具体如下。
A、离子色谱一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，因此通常离子色谱采用非金属材料作为整个系统材料，一般采用Peek塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而聚四氟乙烯材料作为检测器，外接管路等，要求系统可以耐酸、耐碱，但一般情况下全塑的材料由于加工和强度方面的差异，耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。而高效液相色谱由于一般采用有机溶剂作淋洗液，因此多数还是采用金属泵体，可以耐任何类型的有机溶剂，但对于酸或碱的溶剂，使用易产生腐蚀现象。而随着高效液相色谱在生物领域的广泛应用，金属对一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面应用高效液相色谱也广泛采用了Peek材料作为泵体、流路和阀，使离子色谱和高效液相色谱具有了一定的通用性。
B、前述已经提到离子色谱又分为抑制型和非抑制型，而目前被广泛应用抑制型离子色谱，采用了抑制器，而普通高效液相色谱没有类似装置。抑制器的结构上与高效液相色谱的柱后衍生系统相似，但是抑制型离子色谱必备组件之一。非抑制型离子色谱不用抑制器，与高效液相色谱十分相似，一些非抑制型离子色谱基本上就是采用高效液相色谱的泵、流路和进样阀。
C、离子色谱与高效液相色谱另一差异就是检测器，一般情况下高效液相色谱采用紫外-可见光度检测器；而离子色谱通用的是电导检测器。
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