电泳槽时凝胶时间不对，那么通常胶在60min，1H内凝；
如果凝的太慢，可能是TEMEN，APS剂量不够或者失效。
APS应该现配现用，TEMED不稳定，容易被氧化成黄色。
如果凝的太快，可能是APS和TEMED用量过多，此时胶太硬易裂，电泳时易烧胶。
纹理和托尾现：
由于样品溶解不佳引起的，克服的方法可以在加样前离心，增加一些增溶辅助试剂如尿素。
蛋白带过宽，与邻近泳道的蛋白带相连时由于加样量太多，可以减少上样量。
电泳时间比正常要长。
可能由于凝胶缓冲系统和电极缓冲系统的PH选择错误，即缓冲系统的PH和被分离物质的等电点差别太小，或缓冲系统的离子强度太高。
指示剂成微笑符号(指示剂前沿呈现向上的曲线形)，说明凝胶的不均匀冷却，中间部分冷却不好，导致分子有不同的迁移率所致。
指示剂成哭脸符号(指示剂前沿呈现向下的曲线形)，由于电泳槽的装置不合适，尤其是凝胶和玻璃板组成的“三明治”底部有气泡或靠近隔片的凝胶聚合不完全。
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电泳槽密封条漏液(垂直槽)一般情况下，电泳槽较窄的密封条不易漏夜，反之较宽的则比较容易漏，此时先检查：1、密封条是否老化或损坏，若已经老化或损坏，应更换密封条。2、如果密封条完好无损，目测检查密封条是否有凹凸不平现象，如果有应将密封条拆下进行重新安装。安装时注意不要拉扯密封条，使其自然地嵌入密封槽内，并保证安装均匀，避免密封条出现凹凸现象。3、如果缓冲液是从密封条的中间漏出，则说明漏处比两边凹（不在同一水平线上），我们则需要把密封条拆下，清理干净槽内胶粘剂，然后再将薄厚相当的窄边条（如0.4毫米）粘在槽内，以垫起凹下的密封条，使其与两边保持一致，此后再将密封条粘在槽内即可。
电泳槽内无电流（铂紧电极上无气泡）1、首先利用万用表检查电泳仪有无输出电压（注意选择直流电压挡，输出不得超过量程，以免损坏万用表）2、利用万用表电阻挡检查电泳输出线是否导通。3、利用万用表电阻挡检查电泳槽电极插座与铂金丝之间是否可靠导通，重点检查输出插座与插头是否与连接铂金丝的焊片紧密连接，如发现松动请使用尖嘴钳将其紧固即可，完毕进行检测若还没有电流则检查铂金丝是否断裂，若铂金丝有断裂迹象则用电烙铁将其焊接，首先将助焊剂涂在铂金丝上再用电烙铁粘上焊锡将断裂的两段铂金丝焊连即可。铝扳散热效果不佳先检测铝板与玻璃板之间有无缝隙，若有缝隙首先应紧固螺栓，如果经坚固螺栓仍无法使铝板与玻璃板帖平，可将铝板拆下清理上面的污垢，根据缝隙的大小用相应厚度的垫片将铝板垫起，并保证铝板的四边平整（垫平后的铝板平面应低于密封条3-4毫米）。
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