1、出峰不佳，峰分叉
（1）色谱柱被污染。
（2）柱头填料塌陷。处理对于第一种情况，先用纯水反向冲洗柱子，然后换成甲醇冲洗，接着用甲醇+异丙醇（4+6）冲洗柱子（冲洗时间的长短由样品污染的情况而定），再换成甲醇冲洗，然后用纯水冲洗，最后甲醇冲洗正向冲洗柱子30分钟以上。如冲洗后依然出峰不佳，则考虑第二种情况。对于第二种情况，拧开柱头，检查柱填料是否硬结或塌陷。去除硬结部分（污染的填料），装入新填料，滴一滴甲醇，填料下陷，再填，用与柱内径相同的顶端平滑的不锈钢杆压紧，再填平，滴甲醇，再压紧反复几次，直至装满填平。柱头用甲醇冲洗干净，擦净柱外壁的填料，拧紧柱头，用纯甲醇冲洗30分钟以上。
2、柱压高原因
（1）缓冲液盐分如（乙酸铵等）沉积于柱内。
（2）样品污染沉积。处理对于第一种情况先用40～50℃的纯水，低速正向冲洗柱子，待柱压逐渐下降后，相应提高流速冲洗，柱压大幅度下降后，用常温纯水冲洗，之后用纯甲醇冲洗柱子30分钟；对于第二种情况，由样品的沉积引起污染的C18柱，和纯水反向冲洗柱子，然后换成甲醇冲洗，接着用甲醇+异丙醇（4+6）冲洗柱子（冲洗时间的长短由样品污染的情况而定），再用换成甲醇冲洗，然后用纯水冲洗，最后甲醇冲洗正向冲洗柱子30分钟以上。
3、压力波动大，流量不稳定
原因系统中有空气或者单向阀的宝石球和阀座之间夹有异物，使得两者不能密封。处理工作中注意观察流动相的量，保证不锈钢滤器沉入储液器瓶底，避免吸入空气，流动相要充分脱气。如为单向阀和阀座之间夹有异物，拆下单向阀，放入盛有丙酮的烧杯用超声波清洗。
4、既无压力指示，又无液体流过
（1）泵密封垫圈磨损。
（2）大量气泡进入泵体。处理对于第一种情况，更换密封垫圈；对于第二种情况，在泵作用的同时，用一个50ml的玻璃针筒在泵的出口处帮助抽出空气。
液相色谱仪是一种常见的色谱分析方法，与气相色谱相比液相色谱可以在常温中操作，且不受样品挥发度和热稳定性的限制。
这使得液相色谱非常适合相对分子量较大，难汽化；
不易挥发或对热敏感的物质、离子型化合物和高聚物的分离分析。
然而要选购一台品质优良的液相色谱并不容易。
液相色谱仪的指标很多，有关于泵的、关于检测器的、关于色谱柱的……不过，从选购角度考虑；
可以优先考虑噪音、漂移、最小检测浓度、定性定量重复性等主要技术指标。
当然，这些指标都要放在系统、回路里去看去比较。
1.噪音
噪音指由仪器的电器元件、温度波动、电压的线性脉冲以及其他非溶质作用产生的高频噪声和基线的无规则波动产生的声音。
噪音的大小直接关系到仪器的检测灵敏度，噪音越大检测的灵敏度就越低。
对于检测低含量的样品就要求仪器的噪音越小越好，否则噪音过大将会导致基线不稳，甚至影响分析结果；
2.最小检测浓度(最小检测限)
最小检测浓度是反映仪器灵敏度的重要参数。
根据公式CL=2×Nd×C/H(CL：最小检测浓度Nd：噪音C：样品浓度最小检测浓度H：样品峰高)；
最小检测浓度是和噪音成正比的，噪音越大，最小检测浓度就越大，灵敏度就越低。
如果选购的仪器回避了这个指标，说明他们不愿在最小检测浓度的基础上去比较噪音；
3.漂移
漂移是指仪器稳定后一段时间内基线漂离原点的距离，通常用来衡量仪器稳定快慢。
高品质的仪器能在较短的时间内达到稳定，从而在一定程度上提高分析效率；
4.定性定量重复性
主要是考核仪器稳定性的指标，这对于分析样品来说是非常重要的。
好的仪器其稳定性应该是十分不错的，这就要求多次进样保留时间及含量的一致性，这样做出来的结果才能使人信服。
虽然这些指标都属于检测器，但是就像前面所说的，条件是要放在整个回路和系统里去看去比较。
例如：泵的脉动会直接影响噪音指标、泵的流量准确度指标，以及密封性不好也会影响相关指标。
所以要系统地看指标才可以反应出仪器的一些真实水平。
液相色谱法是分析化学中发展比较快、应用广泛的一种分析方法，特别是高效液相色谱仪已经成为生命科学、材料科学、环境科学等方面必不可少的重要检测方法。现代科学技术的发展使得分析对象越来越复杂，分析要求越来越高，液相色谱的强大功能使其成为新世纪中解决生命科学、材料科学、环境科学等复杂体系发现难题的较为有力的技术和方法。
高效液相色谱仪是在经典液相色谱的基础上，引入气相色谱的理论和技术而发展起来的。在高效液相色谱中，流动相与组分之间有一定的亲和力，分离过程的实现是组分、流动相和固定相三者间相互作用的结果，分离不但取决于组分和固定相的性质，还与流动相的性质密切相关，一般情况下，高效液相色谱仪的分析可在室温下进行，由于采用颗粒极细的固定相，柱内压降很大，加上流动相黏度高，因此必须采用高入口压，以此来维持一定的流动相线速。高效液相色谱仪对于挥发性低、热稳定性差、分子量大的物质特别有利，它在医药、生化等方面具有非常重要的作用。
色谱柱的常见问题：
1.色谱柱污染：
目前,基层实验室多采用反相色谱柱,要减少色谱柱的污染较为有效的办法是要纯化样品。凡是样品纯化得越干净,色谱柱的寿命就越长;反之,只有提取没有纯化的样品,色谱柱柱效就会大幅下降。一般来说,要提取纯化好的样品,可以的方法是用流动相溶解样品,这样,一方面能减少色谱图中的溶剂峰干扰,另一方面也能检查样品在流动相中的溶解性。如果样品进样后在流动相中沉淀,会堵塞进样器和柱头,甚至样品分解,出现鬼峰。如果出现样品与流动相不溶要设法改变溶解条件,可更换样品溶剂,或改进样品纯化处理的方法,或滤过去除不溶性物质。
2.色谱柱阻塞与对策
如果配有保护柱,应先去掉保护柱进行分析。如果色谱柱阻塞,可进行反冲洗。如果问题仍然存在,色谱柱可能被强保留的污染物损坏,建议使用恰当的再生程序。如果问题仍然存在,可能是进口阻塞,更换入口处的筛板或更换色谱柱。如果必要,亦可更换色谱柱。
3.严格清场
清洗的过程是延长色谱柱寿命的关键,每次分析工作结束时,要做好清场工作。如果流动相是缓冲盐,先用5%甲醇水冲洗30 min以上；如果流动相是离子对,先用50%甲醇水冲洗30 min以上；如果流动相是酸性溶剂,先用纯水冲洗30 min以上,流速0.5 mL#min-1,最后过度到用色谱甲醇冲洗色谱柱,目的是冲去吸附在柱上的强保留组分。如果用甲醇-水为流动相也应这样冲洗色谱柱,在一定程度上可恢复柱效。
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