自动进样器的故障容易被发现，有时液相色谱仪系统出了故障而不能确定是否是进样器故障，可以用手动进样几次，或用一台好的自动进样器代替，如排除了故障，说明自动进样器有了问题。不同厂商的自动进样器差异很大，除一些共性故障外，较好查阅操作手册或与供应商联系。
除自动进样器机械、控制系统可能出现故障外，在操作及方法学方面也可能出现相应的问题，这里主要根据自动进样器的设计特点，对试验过程中可能出现的问题进行说明。
一、滞后体积
高效液相色谱仪中滞后体积是指流动相混合器到柱头的体积，包括溶剂混合器和混合器到柱头之间连接管的体积，对于低压混合系统，也包括泵体积。滞后体积较大可能导致实验的重复性差、方法移植困难。通常的HPLC系统中，滞后体积一般在0.2mL～5mL之间，主要取决于装置的设计。
滞后体积中较重要的部分为自动进样器的定量环体积。只有定量环体积小于100μL时，其对滞后体积的影响才可以近似不计。当定量环体积较大时，这种影响将表现出来。例如，采用50μL的定量环时滞后体积为300μL，如果改用1mL定量环，滞后体积将变成1250μL，这种变化直接影响到色谱分离结果。在实际分离过程中，采用的色谱柱较细时，必须考虑滞后体积的影响，解决的办法为更换较小的定量环，减小滞后体积。
二、样品瓶过满
如果样品瓶过满，在瓶盖较紧、进样量较大的情况下，可能会导致进样重复性变差。其原因为样品瓶中的样品被抽出时，盖紧的瓶盖不能使空气及时进入，造成部分真空。由于这种真空作用，注射器不能够吸取足够量的样品体积。在极端的情况下，对于挥发性稀溶液样品，针内甚至会出现气泡，影响分析工作的正常进行。
有些自动进样器采用加排空针的方法克服这一问题，但这种方法并不常用。较简单的解决办法为不要使样品瓶过满。一般装样量在样品瓶的1／2到3／4之间较为适宜。
三、进针深度的调节
样品量足够多时，不必考虑这一问题。但对于痕量分析而言，进针深度的调节问题将较为突出。理想的情况下可以使进针深入到接近样品瓶底部，这样可以较大限度地利用样品。当可用的样品体积有限时，可以采用微量样品瓶以增加给定体积样品的相对深度。如果进针过深，可能插入样品瓶的底部，甚至导致针尖阻塞。如果进针深度不足，样品只及针尖部分，针将不能抽取足够量的样品，部分空气取而代之。
对于进针深度的调节，一般采用机械或电动的方法，目前大部分厂商可以在液相色谱仪色谱工作站上设置。无论采用哪种方法，实验之前都必须认真调节，更换样品瓶类型时还需要重新调整。
高效液相色谱仪的系统由储液器、泵、进样器、色谱柱、检测器、记录仪等几部分组成。
储液器中的流动相被高压泵打入系统，样品溶液经进样器进入流动相，被流动相载入色谱柱(固定相) 内，由于样品溶液中的各组分在两相中具有不同的分配系数；
在两相中做相对运动时，经过反复多次的吸附-解吸的分配过程，各组分在移动速度上产生较大的差别，被分离成单个组分依次从柱内流出，通过检测器时，样品浓度被转换成电信号传送到记录仪，数据以图谱形式打印出来。
液相色谱仪系统由储液器、泵、进样器、色谱柱、检测器、记录仪等几部分组成。储液器中的流动相被高压泵打入系统，样品溶液经进样器进入流动相，被流动相载入色谱柱(固定相)内;
由于样品溶液中的各组分在两相中具有不同的分配系数，在两相中作相对运动时，经过反复多次的吸附-解吸的分配过程;
各组分在移动速度上产生较大的差别，被分离成单个组分依次从柱内流出，通过检测器时，样品浓度被转换成电信号传送到记录仪。
高效液相色谱法只要求样品能制成溶液，不受样品挥发性的限制，流动相可选择的范围宽，固定相的种类繁多，因而可以分离热不稳定和非挥发性的、离解的和非离解的以及各种分子量范围的物质。
与试样预处理技术相配合，HPLC所达到的高分辨率和高灵敏度,使分离和同时测定性质上十分相近的物质成为可能,能够分离复杂相体中的微量成分。
随着固定相的发展，有可能在充分保持生化物质活性的条件下完成其分离HPLC成为解决生化分析问题zui有前途的方法。
由于HPLC具有高分辨率、高灵敏度、速度快、色谱柱可反复利用，流出组分易收集等优点，因而被广泛应用到生物化学、食品分析、环境分析、无机分析等各种领域。
液相色谱仪与结构仪器的联用是一个重要的发展方向。
1、液相色谱仪整机保养
（1）短期停机
在完成一天工作以后，都要停机等第二天再继续工作，则可按以下步骤停机。
A）关闭二次仪表（记录仪、积分仪或色谱工作站）。
B）关闭检测器电源（同时切断柱箱温度检测器的电源）。
C）停止恒流泵工作，然后切断其电源。
D）用二次蒸馏水冲洗进样阀的进样孔（在“LOAD”和“INJECT”两个位置）。
E）切断实验室工作电源，加满盛液瓶中的流动相，待第二天使用。
F）将仪器罩上防尘罩。
（2）长期停机
液相色谱仪数周或数月暂不使用，这时除按《短期停机》的A）～D）步骤处理外，还须完成以下步骤：
A）拆下恒流泵的流动相盛液瓶，换上色谱柱指定的保护试剂（例：甲醇、去离子水等），开启泵数分钟（流速0.5mL/min~1.5mL/min）后停泵。
B）从系统中拆下色谱柱，用专用的密封螺帽将柱管两端密封后保存。
C）用普通φ1.6导管替代分离柱联结。
D）用二次蒸馏水或去离子水输入输液泵，开启泵，流量1mL/min~2mL/min，冲洗泵体、进样阀、检测器流通池数分钟，在冲洗过程切换六通阀数次，使定量管得到清洗。
E）拆除替代柱的导管、泵输入端和出口的导管和流通池输入、输出口导管，分别用螺帽密封输液泵出口和流通池输入、输出口。
F）拨下总电源接线板的插头，贮存好专用的流动相和样品，用干布擦洗仪器，罩上防尘罩。
G）检测器存放地点应干燥
2、液相色谱仪输液泵的保养
输液泵是液相色谱仪的心脏部件，品质再好的泵，若不注意日常保养，其损坏的几率是极高的，将大大降低仪器的使用价值。
a)使用甲醇作流动相，请注意自身保护和环境保护，废液注入空瓶内，集中处理，不得倒入下水道内。
b)输液泵使用前，先注意探漏检查，视各密封点和泵体有否漏液。
c)在无流动相通入的情况下，严禁启动泵体电机，以免柱塞密封环磨损。
d)测试泵流量性能时，用于收集液体的容器，应选用小口瓶颈的容器，防止收集过程中，溶液蒸发，影响测量精度。，必要时应将其密封存放在干燥容器内，以预防光学系统霉变。
e)金属泵体的输液泵，应尽量避免使用含有卤离子（如KCL、NaCL、NH4CL）的流动相或能产生卤离子的流动相，若必须使用此类流动相，建议使用泵体用非金属材料制造的输液泵。方则使用后，应立即使用去离子水清洗泵体和整个色谱系统的管路。
f)使用的流动相必须是HPLC级或分析纯级，特别是配置的流动相，在使用前，必须过滤掉其中的颗粒状杂质和其他物质（使用0.45μm的滤膜过滤）
g)长期不使用输液泵，应在最后分析结束时，用注射器吸取去离子水通过专用的泵头清洗孔清洗泵体和柱塞杆。以延长密封圈和宝石柱塞杆的寿命。
h)输液泵液路在维修或保养时，应切断仪器电源。非专业维修人员请不要打开机箱罩。
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