通常影响色谱柱使用寿命的主要因素有以下几点。
①色谱柱破损
石英毛细管柱的聚酰亚胺层，如有少许破损就很难再保护脆弱的石英毛细管。当柱箱连续地加热和冷却、柱箱风扇的震动和柱架等都会对毛细管造成应力，最终在色谱柱有弱点处破裂。大内径柱更容易破裂，也就是说，在操作0.45～0.53mm内径柱时，要比0.18～0.32mm内径柱更要小心。
如果已经断裂的色谱柱，仍在高温下连续运行或是作多阶温度程序运行，很可能损坏色谱柱，因破裂的后半段暴露在高温的氧气中，这样会很快地破坏固定相；而断裂的前半段，由于有载气流过，氧的影响会小些。如断裂的色谱柱没有再加热或只暴露在高温或空气中很短时间，断裂的后半部分不会受到明显损坏，可考虑作为它用。
②热损伤
超过色谱柱温度上限，会造成色谱柱固定相和管表面加速损坏，色谱柱的过量流失会使活性组分拖尾，降低柱效。一般热损坏是一个很慢的过程，但有氧存在时，会大大加速热损坏。另外在有漏气情况下，色谱柱过热也会加速损坏或永久性损坏色谱柱。
③氧损伤
氧是毛细管柱的大敌，在接近室温下，不会对色谱柱有太大损害，柱温升高时会严重损坏色谱柱。对于极性固定相，即使温度和氧浓度很低时，也会发生严重损坏。虽然，短时间地暴露在空气中，如注射空气或更换隔垫不会有太大问题，但也应避免。
在气路上有漏气的地方(如气路、接头和进样器)，往往是进入氧气的源头，当色谱柱加热时，就会很快地损坏固定相，会过早地引起固定液的过度流失，至使活性化合物有拖尾，降低柱效。在不太严重的情况下，色谱柱还会有一定的分离功能，但柱效已经下降。在严重的情况下，色谱柱就会完全失效。
④化学损伤
有少数化合物会使固定相遭到破坏。不挥发性化合物，进入色谱柱常常会降低色谱柱的性能，但是不会破坏固定相，有条件时这些沉积的残留物可以用溶剂冲洗而除去，能恢复色谱柱的性能。
要避免进入色谱柱的主要化合物是无机和矿物碱和酸，这些矿物碱和酸不会挥发，通常积累在色谱柱的前端，如果使其停留在那里就会破坏固定相，使色谱柱过早的大量流失，使活性化合物拖尾，以及使柱效下降，其征兆和热损坏及氧损坏类似。
由于化学损坏多发生在色谱柱的前端，所以可把色谱柱的前端切掉0.5～1m，在比较严重的情况下，可以截去5m或更长的一段。如果使用保护柱就会减小色谱柱被损害的长度，但是需要经常处理或更换保护柱。酸或碱还常常会破坏石英管内的去活表面，因而会引起活性化合物的峰形变坏。
⑤污染
气相色谱中，毛细管色谱柱被污染是很普遍的问题，不幸的是，它和各种各样常见的故障相似，常常被错误的判断为其它的故障，虽然被污染了的色谱柱并没有损坏，但已失去效能。通常有两种基本类型的污染物，不挥发性污染物和半挥发性污染物。不挥发性污染残留物不能从色谱柱里洗脱出来，而是累计在色谱柱里，这样它就成为涂渍了残留物的色谱柱，因而影响溶质的分配。而且残留物还会和活性化合物相互作用，甚至造成峰的拖尾，减少峰面积。
活性溶质是指那些含有羟基或氨基(一些硫醇基)及醛的物质；半挥发性污染物最后会洗脱出去，但需要几个小时或几天时间，半挥发性污染物和不挥发性残留物一样，他们也会引起峰形变坏和峰面积减小。此外，还常常引起基线不稳定(漂移、噪音增加)或出鬼峰等。
污染物的来源有许多，其中进样是主要的来源。生物液体和组织、土壤、废水、地下水和类似的含有大量半挥发的和不挥发物质的基体，甚至使用净化方法，样品也会含有少许这些物质并带到注射样品中，几次到几百次进样就会造成残留物的积累故障。柱上进样、不分流进样和大口径柱直接进样等进样方法常常会造成上述色谱柱的严重污染。
污染物还会来源于气体管路、净化器、密封垫、隔垫的碎屑或其他与样品可能接触的物质，如样品瓶、溶剂、注射器、移液管等，这些类型的污染物可能会突然性的引起故障。
一﹑去除样品和流动相中的固体颗粒
样品和流动相中含有的固体颗粒物质会堵塞色谱柱筛板，筛板被堵住不仅会引起柱压的升高，而且也会引起柱效下降，因为筛板的堵塞会引起液流不均，导致色谱峰型拖尾、变宽，从而使柱效下降。因此，建议使用超纯水和色谱纯试剂，在分析样品前对样品进行针筒过滤，流动相过0.45μm滤膜。
二﹑流动相的PH应在使用的范围内
由于流动相的PH 控制不当而对色谱柱造成的损害，通常很难使色谱柱恢复，因此必须认真对待，严格控制流动相的PH值。
三、使用保护柱或在线过滤器
样品和流动相经过滤后并不能完全消除固体颗粒物质，因为泵的磨损、密封圈和管路的老化也会产生固体颗粒物质，这些固体颗粒被流动相带入色谱柱，堵塞筛板，导致柱压升高、柱效下降。保护柱和在线过滤器上都有筛板，其孔径与色谱柱孔径相同，因此可以阻止固体颗粒物质到达色谱柱，有效防止色谱柱筛板的堵塞。由于柱压升高在分析故障中占很大比例，因此，除对样品和流动相进行过滤外，建议您在色谱柱进样端加上保护柱或在线过滤器。
如果色谱柱柱压升高是由于进样端筛板被堵引起的，可选择一下方式进行补救：
1、先在色谱柱前加上保护柱或在线过滤器，然后用甲醇、水=20/80ml/min反向冲色谱柱180min。
2、先在色谱柱进样端加上保护柱或在线过滤器，然后反向使用。
四﹑防止强保留物质在色谱柱上存留
强保留物质和大分子化合物在色谱柱中累积，对样品中的化合物产生额外的保留行为，不仅引起峰型变宽、拖尾，使柱效下降，同时也会引起保留时间的变化，累积到一定程度时还会导致柱压升高。由于强保留物质和大分子化合物对色谱分离的影响是一个累积效应，需要一定的时间才会体现出来，但对许多药品特别是复杂样品而言，很难判断其是否是含有强保留物质，因此要防止强保留物质的累积，需要在每天的日常维护中用纯甲醇或乙氰清洗色谱柱。
五﹑正确使用缓冲盐
缓冲盐通常易溶于水，难溶于有机溶剂，因此缓冲盐使用不当会使其析出，堵塞填料基质上的微孔和颗粒间的空隙，使填料板结，柱压上升；同时阻碍了基质上键合的碳链自由舒展，使色谱柱的保留能力下降，柱效降低。缓冲盐析出后，去除非常困难，因此，正确的使用缓冲盐对延长色谱柱使用寿命非常重要。
液相色谱柱是液相色谱仪的核心部件，且极易因使用不当而损坏，不互溶的流动相，不正确的保存方式及清洗都会降低色谱柱的使用寿命。因此液相色谱柱的日常维护保养极为重要。
1.流动方向已明确标明在色谱柱上，请正确安装色谱柱，除非您想冲洗色谱柱入口的污染物，否则，请不要反接色谱柱。
2.反相柱做完实验后，若使用流动相中含有缓冲溶液盐，请在使用完毕后用不含缓冲剂的80%水-有机溶剂流动相冲洗色谱柱，后换成100%有机溶剂贮存。
3.正相色谱柱正相使用保存在纯正己烷中，反相使用时需要将柱内贮存液用异丙醇置换。
4.流动相与样品在使用前可以用0.45um的微孔滤膜或用预处理柱（SPE固相萃取小柱）进行预处理，并严格脱气。
5.流动相pH需保持在2-8之间，请尽量不超过适用范围。
6.柱温不要大于60℃。
7.压力最高不超过30Mpa，建议在20Mpa以内使用。
8.使用新鲜溶剂，防止细菌增长。
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