在液相色谱仪分析中，根据流动相和固定相相对极性的不同，可分为正相色谱和反相色谱。所谓正相色谱是指固定相极性大于流动相极性的情况，反之，固定相的极性小于流动相的极性，则称为反相色谱。
正相分析的场合：
假设使用的溶剂是15%二氯甲烷/己烷混合溶液，样品在二氯甲烷中更易溶解。如果样品可以在流动相中完全溶解自然没有问题。
如果样品不能溶解在溶剂中，选择100%二氯甲烷作为溶剂的情况下可能会产生故障。
在一般情况下，经常使用混合溶剂作为流动相。哪种组合最易于样品溶解可以从样品的洗脱时间上看出。在选择溶解样品的溶剂之前，把流动相的组成在5~10%变化范围内各种样品的洗脱时间作比较，选择样品最容易溶解的溶剂。因为，样品和溶剂、流动相互相溶解是分析的前提条件。
反相分析的场合：
假设使用的溶剂是50%的乙腈，使用的样品在乙腈中比在水中更易溶解。当然，可以的方法是使样品完全溶解于流动相中。
然而，如果样品不能溶解在流动相中，如何选择溶剂呢？100%的乙腈溶液？或者浓度50%以下的乙腈水溶液？这种情况下，第一个选择就是浓度50%以下的乙腈水溶液。第二个选择就是100%的水溶液，可以100~500微升注入。最差的选择是100%乙腈溶液。因为即使样品完全溶解在了100%的乙腈溶液中，随着流动相的加入，可能乙腈溶液被稀释导致样品析出。轻则造成上述a,b两种故障，重则向c,d发展。最严重则发生f的故障，那就只能更换色谱柱了。
然而，混合样品的情况下可能发生g的故障。判断样品会不会在色谱柱内部析出可以通过以下步骤。减少样品较易溶解的，溶剂量，然后试着增加注入量。也就是说，如果是要求注入在100%乙腈溶液中溶解的样品20ul，可以试着注入在20%乙腈中溶解的样品125ul。如果上述的故障消失了，则说明使用100%乙腈作为溶剂是不合适的，样品会在色谱柱内析出。
早期使用隔膜和停流进样器，装在色谱柱进口处。现在大都使用六通进样阀或自动进样器。
进样装置要求：密封性好，死体积小，重复性好，保证中心进样，进样时对色谱系统的压力、流量影响小。HPLC进样方式可分为：隔膜进样、停流进样、阀进样、自动进样。
1.隔膜进样。
用微量注射器将样品注进专门设计的与色谱柱相连的进样头内，可把样品直接送到柱头填充床的中心，死体积几乎即是零，可以获得较佳的柱效，且价格便宜，操纵方便。但不能在高压下使用(如10MPa以上);此外隔膜轻易吸附样品产生记忆效应，使进样重复性只能达到1~2%;加之能耐各种溶剂的橡皮不易找到，常规分析使用受到限制。
2.停流进样。
可避免在高压下进样。但在HPLC中由于隔膜的污染，停泵或重新启动时往往会出现“鬼峰”;另一缺点是保存时间不准。在以峰的始末信号控制馏分收集的制备色谱中，效果较好。
3.阀进样。
一般HPLC分析常用六通进样阀(以美国Rheodyne公司的7725和7725i型常见)，其关键部件由圆形密封垫(转子)和固定底座(定子)组成。由于阀接头和连接管死体积的存在，柱效率低于隔膜进样(约下降5~10%左右)，但耐高压(35~40MPa)，进样量正确，重复性好(0.5%)，操纵方便。
4.自动进样。
用于大量样品的常规分析。
液相色谱仪常见的故障一是堵，二是漏，本文通过三大原因给大家说说，液相色谱仪为何会堵？
原因一：配制流动相时细菌污染
首先，我们要认识到，一般的国产甲醇其实不需要额外过滤处理，直接使用没有问题。即使是有些固态微粒杂质，也能在液相流路系统最前端的过滤头上排除，真正容易引起问题的，是水中的细菌。
原因二：使用流动相时的细菌污染
流动相刚开始没有长菌，在使用时却产生了细菌污染。这主要是在使用多元液相色谱仪时的一种不良使用习惯造成的。
举简单的例子：
50％的甲醇水流动相，有两种使用方式。一种方式是在上机前就配好混合在一起，另一种方式是在流路A放纯甲醇，流路B放纯水。
从单纯实验效果来说，后一种有明显的优点：首先是简单，不需要实验者另个计算配比混合，其次就是比例准确，能得到保留时间重复性极好的实验效果。
但是，它有一个致命的缺陷，就是纯水在流动相瓶中几天时间就会长细菌很多情况下不仅仅用纯水作流动相，而是用缓冲盐溶液，本身就是优质肥料，细菌长得更迅速、，一旦有细菌柱子就坏得很快。所以这种方式要求操作人员每次实验都要用新制备的纯水，更要求在每次实验后把水相换掉，换成甲醇冲洗干净，这一点在实际工作中很多人意识不强，就是意识到了但多次使用中总有一两次会遗漏，但是往往这一两次就足以产生致命的影响。因为液相色谱柱的堵塞是不可逆的。
所以，宁可牺牲小小的保留时间的重复性，也不要用纯水溶液作为流动相的一组。从实际实验效果来说，我建议用10％的甲醇水代替纯水溶液以前我做过不同比例甲醇水的细菌总数实验，在5％就基本可以抑菌，在10％及以上就可以完全杀菌了、，这样可以有效排除长细菌的隐患，既可作流动相，也可冲柱。就算是在配制流动相时会计算得麻烦一些，但是一次麻烦，终身受益。
原因三：不适当操作
1、在更换零件时选择的型号有误，接口不是很匹配，在拧紧的时候产生变形而使得管路堵塞。
2、样品处理液净化得不干净，长期会在六通阀和柱之间形成阻塞不畅。
3、在使用手动六通阀时，有些人可能由于手劲小的原因，转动的不到位，于是造成流路形成了死堵，压力快速升高超过警戒值。
4、在使用金属管路作出废液管时，应当注意可以废液瓶中先放一些水，并把废液管的出口端放在液面下。如果位于在液相上且实验使用较高浓度的缓冲盐溶液，在停机时可能在出口端结晶成块并造成堵塞。这种情况不常见，但却的确发生过。
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