离子色谱仪可对样品中无机及部分有机阴、阳离子（包括氟离子、氯离子、溴离子、亚硝酸根离子、硝酸根离子、硫酸根离子、磷酸根离子、氨根离子、锂离子、钠离子、钾离子、镁离子、钙离子等）进行定性和定量分析。广泛应用于环境、电力、卫生、能源、农业、食品饮料、医药、检验、化学、工业、科研等领域。
进样分析作为离子色谱仪实验的关键一环，操作时更要谨慎：
1、用去离子水将注射器、针头清洗干净。(注意：进样及清洗过程中手不要触及针头及注射器内壁,以防止引入污染)
2、用盛去离子水的洗瓶将进样口清洗2-3次。
3、将阀打到“进样”位置,用注射器各吸取1-2ml去离子水、样品依次注入将定量环清洗3次(注意：注射器中不能有气泡)。再吸取1-2ml(一般取1.0ml)样品注入，迅速将阀打至“分析”位置(注意动作要快，在1s内完成)，同时按动“启动”按钮采集信号或仪器开始自动采集信号，并分析样品。
4、样品出峰完毕，点击“手动停止”按钮或F10或到工作站中?采集时间?的设定时间停止谱图信号采集，于弹出的“另存为对话框”中更改谱图文件名，将谱图保存。
5、针对不同的样品，重复上述操作。
离子色谱仪实验完毕后，将泵关闭，将色谱柱卸下，两端用柱接头拧紧将其密封，放于仪器内保存。(如果是阴离子检测时要再将电流旋钮关闭)
离子色谱是高效液相色谱的一种，故又称高效离子色谱（HPIC）或现代离子色谱，其有别于传统离子交换色谱柱色谱的主要是树脂具有很高的交联度和较低的交换容量，进样体积很小，用柱塞泵输送淋洗液通常对淋出液进行在线自动连续电导检测。
离子色谱仪分类
1、离子色谱分离
离子色谱分离主要是应用离子交换的原理，采用低交换容量的离子交换树脂来分离离子，它在离子色谱中应用广泛，其主要填料类型为有机离子交换树脂。
2、离子对色谱
离子对色谱的固定相为疏水型的中性填料，用于阴离子分离的对离子是烷基胺类，如氢氧化四丁基铵、氢氧化十六烷基三甲烷等。用于阳离子分离的对离子是烷基磺酸类，如己烷磺酸钠、庚烷磺酸钠等。
3、离子排斥色谱
离子排斥色谱，主要根据Donnon膜排斥效应：电离组分受排斥不被保存，而弱酸则有一定保存的原理制成。离子排斥色谱主要用于分离有机酸以及无机含氧酸根，如硼酸根、碳酸根和硫酸根、有机酸等。
4、离子色谱的应用
无机阴离子的检测;无机阳离子的检测和有机阴离子和阳离子分析，主要包括生物胺，有机酸和糖类分析。
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