1、降低接口温度、离子源温度、四极杆温度（以四极杆质谱仪为例），关闭质谱仪电源。
2、打开卸压阀，缓慢卸压到常压。
3、打开离子源舱门（此步骤开始可以佩带口罩以及不掉毛手套）。
4、使用专用工具按照拆卸步骤将离子源整体取出放置在的清洗台面。
5、使用专用工具将离子源各部件一一拆开，分类整齐放置在清洗台面，不需要抛光打磨的部件（如加热快、绝缘体等）分开放置。（此后可脱掉手套）
6、将一定量的专用氧化铝粉放入100ml烧杯中，加入甲醇，刚好覆盖为好。
7、使用专用棉签蘸上湿润的氧化铝粉轻轻打磨推斥极、离子源体、透镜等金属部件，直至光亮为止，注意不要过于用力造成部件表面出现明显划痕。
8、可先使用自来水冲洗打磨部件，再使用甲醇将氧化铝粉充分冲洗干净。
9、将离子源所有部件（除了灯丝、加热电缆等外）放置于适当烧杯中，加入甲醇盖过，超声5~10分钟。
10、超声后换一个烧杯放置部件，然后在烘箱中70度烘烤30分钟，待完全干燥后冷却至室温。
11、（佩带洁净不起毛手套）将干燥并冷却后的部件放置到一块新的洁净无纺布上面，分类放置。
12、使用专用工具将各部将一一组装起来。
13、将组装好的离子源安装到质谱仪上。
质谱仪扫描方式有两种，全扫描与选择离子扫描：
全扫描是对指定质量范围内的离子全部扫描并记录,得到的是正常的质谱图,这种质谱图可以提供未知物的分子量和结构信息。可以进行库检索。
质谱仪还有另外一种扫描方式叫选择离子监测(SelectionMoniringSIM)。此种扫描方式是只针对选定的离子进行检测，而其它离子不被记录。
它的最大优点：
一、对离子进行选择性检测
只记录具有特征的、感兴趣的离子，不相关的，干扰离子统统被排除;
二、选定离子的检测灵敏度大大提高
在正常扫描情况下，假定一秒钟扫描2～500个质量单位。那么，扫过每个质量所花的时间大约是1/500秒，也就是说，在每次扫描中，有1/500秒的时间是在接收某一质量的离子。在选择离子扫描的情况下，假定只检测5个质量的离子，同样，也用一秒，那么，扫过一个质量所花的时间大约是1/5秒。也就是说，在每次扫描中，有1/5秒时间是在接收某一质量的离子。因此，采用选择离子扫描方式比正常扫描方式灵敏度可提高大约100倍。由于，选择离子扫描只能检测有限的几个离子，不能得到完整的质谱图，因此，不能用来进行未知物定性分析，但是，如果选定的离子具有很好的特征性，也可以用来表示某种化合物的存在。选择离子扫描方式最主要的用途是定量分析，由于它的选择性好，可以把由全扫描方式得到的非常复杂的总离子色谱图变得十分简单。消除其它组造成的干扰。
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