液相色谱仪系统由储液器、泵、进样器、色谱柱、检测器、记录仪等几部分组成。
储液器中的流动相被高压泵打入系统，样品溶液经进样器进入流动相；
被流动相载入色谱柱（固定相）内，由于样品溶液中的各组分在两相中具有不同的分配系数；
在两相中作相对运动时，经过反复多次的吸附-解吸的分配过程，各组分在移动速度上产生较大的差别；
被分离成单个组分依次从柱内流出，通过检测器时，样品浓度被转换成电信号传送到记录仪；
数据以图谱形式打印出来高效液相色谱仪主要有进样系统、输液系统、分离系统、检测系统和数据处理系统；
下面将分别叙述其各自的组成与特点。
进样系统
一般采用隔膜注射进样器或高压进样间完成进样操作，进样量是恒定的。
这对提高分析样品的重复性是有益的。
输液系统
该系统包括高压泵、流动相贮存器和梯度仪三部分。
高压泵的一般压强为47～44X10Pa，流速可调且稳定，当高压流动相通过层析柱时；
可降低样品在柱中的扩散效应，可加快其在柱中的移动速度；
这对提高分辨率、回收样品、保持样品的生物活性等都是有利的。
流动相贮存器和梯度仪，可使流动相随固定相和样品的性质而改变；
包括改变洗脱液的极性、离子强度、PH值，或改用竞争性抑制剂或变性剂等。
这就可使各种物质（即使仅有一个基团的差别或是同分异构体）都能获得有效分离。
分离系统
该系统包括色谱柱、连接管和恒温器等。
色谱柱一般长度为10～50cm（需要两根连用时，可在二者之间加一连接管）；
内径为2～5mm，由"优质不锈钢或厚壁玻璃管或钛合金等材料制成；
住内装有直径为5～10μm粒度的固定相（由基质和固定液构成）。
固定相中的基质是由机械强度高的树脂或硅胶构成；
它们都有惰性（如硅胶表面的硅酸基因基本已除去）、多孔性（孔径可达1000?）和比表面积大的特点；
加之其表面经过机械涂渍（与气相色谱中固定相的制备一样）；
或者用化学法偶联各种基因（如磷酸基、季胺基、羟甲基、苯基、氨基或各种长度碳链的烷基等）或配体的有机化合物。
因此，这类固定相对结构不同的物质有良好的选择性。
例如，在多孔性硅胶表面偶联豌豆凝集素（PSA）后，就可以把成纤维细胞中的一种糖蛋白分离出来。
另外，固定相基质粒小，柱床极易达到均匀、致密状态，极易降低涡流扩散效应。
基质粒度小，微孔浅，样品在微孔区内传质短。这些对缩小谱带宽度、提高分辨率是有益的。
根据柱效理论分析，基质粒度小，塔板理论数N就越大。
这也进一步证明基质粒度小，会提高分辨率的道理。
再者，高效液相色谱的恒温器可使温度从室温调到60C；
通过改善传质速度，缩短分析时间，就可增加层析柱的效率。
液相色谱仪在高效使用中需注意以下几个问题：
1、色谱柱中的流动相是否会会排干的问题：
不少做色谱分离试验的人遇到过这样的情形：不慎未及时补充流动相，泵将溶剂瓶中的流动相吸干了，HPLC系统由此而停止工作了。如此情况是否会损坏色谱柱?泵是否已将色谱柱中所有流动相都排干了?色谱柱还能使用吗?事实上，如果泵将溶剂瓶中的流动相吸干，并不会造成色谱柱的损坏。即使泵中充满了空气，泵也不会将空气排入色谱柱。因为泵只能输送液体，而不能输送空气。
2、色谱柱变干的问题：
另一个更可能发生的情况是忘记盖上色谱柱两端的密封盖或盖子太松而使色谱柱变干。同样，整个色谱柱干涸的情况不太容易发生，多半可能只是色谱柱两端的几个毫米变干了，因挥发掉所有溶剂是色谱柱变干需要相当长的时间。即使色谱柱真的变干了，也不一定就不可救药了。可以尝试用一种完全脱气的、表面张力低的溶剂(如经氦气脱气的甲醇)冲洗色谱柱以除去气体。较低的表面张力有助于浸润填料表面;已脱气的溶剂应该能够溶解并去除滞留在填料中的气体。色谱柱大约需要(以1mL/min的流速)冲一个小时或更多的时间被彻底浸润，恢复到正常状态。
3、使用PEEK(polyetheretherketone)管路和接头需要注意以下问题：
如果经常需要改变流路或更换不同品牌的色谱柱，使用PEEK材料制成的管路和接头会非常方便。PEEK管路容易连接;PEEK接头不仅无需工具，手拧即可固定，而且容易调节锥箍之外的管路长度，方便与不同品牌或规格的色谱柱相连接。
使用此类材料的管路需要注意的是：PEEK对卤代烷烃和四氢呋喃的兼容性不好。虽然未观察到上述溶剂溶解PEEK材料的明显迹象，但PEEK遇到上述溶剂会变脆。另一个西药考虑的因素是压力限。不锈钢管可耐受6000psi的压力，但PEEK管只能耐受近4000psi(但多数HPLC应用系统压力不会超过3000psi)。
使用PEEK接头时则无需担心接头耐溶剂性能，因为接头几乎或很少与溶剂直接接触。但手拧固定的PEEK接头压力限低于不锈钢管，因而压力太高时，可能会使接头在管路上滑动而产生死体积或漏液。
4、预防液相泵的故障：
处于良好操作状态的泵，应该能使色谱图上的基线平稳;保留时间的重复性好。在等度洗脱时压力波动小于2%。梯度洗脱时压力变化应是缓慢和平稳的。 要保持泵的良好操作性能,必须维护系统的清洁,保证溶剂和试剂的质量,对流动相进行过滤和脱气.下面列出预防泵故障的几项措施：
1)用高质量试剂和HPLC级溶剂;
2)过滤流动相和溶剂;
3)脱气;
4)每天开始使用时放空排气，工作结束后从泵中洗去缓冲液;
5)不让水或腐蚀性溶剂滞留泵中;
6)定期更换垫圈;
7)需要时加润滑油;
8)查阅有关泵操作手册中的其它建议。
9)为了使故障发生后尽快排除，平时应常备密封、单向阀(入口与出口)、泵头装置、各式接头、保险丝等部件，以及更换工具。
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