1、短期停机
在完成一天工作以后，都要停机等第二天再继续工作，则可按以下步骤停机。
A）关闭二次仪表（记录仪、积分仪或色谱工作站）。
B）关闭检测器电源（同时切断柱箱温度检测器的电源）。
C）停止恒流泵工作，然后切断其电源。
D）用二次蒸馏水冲洗进样阀的进样孔（在“LOAD”和“INJECT”两个位置）。
E）切断实验室工作电源，加满盛液瓶中的流动相，待第二天使用。
F）将仪器罩上防尘罩。
2、长期停机
液相色谱仪数周或数月暂不使用，这时除按《短期停机》的A）～D）步骤处理外，还须完成以下步骤：
A）拆下恒流泵的流动相盛液瓶，换上色谱柱指定的保护试剂（例：甲醇、去离子水等），开启泵数分钟（流速0.5mL/min~1.5mL/min）后停泵。
B）从系统中拆下色谱柱，用专用的密封螺帽将柱管两端密封后保存。
C）用普通φ1.6导管替代分离柱联结。
D）用二次蒸馏水或去离子水输入输液泵，开启泵，流量1mL/min~2mL/min，冲洗泵体、进样阀、检测器流通池数分钟，在冲洗过程切换六通阀数次，使定量管得到清洗。
E）拆除替代柱的导管、泵输入端和出口的导管和流通池输入、输出口导管，分别用螺帽密封输液泵出口和流通池输入、输出口。
F）拨下总电源接线板的插头，贮存好专用的流动相和样品，用干布擦洗仪器，罩上防尘罩。
G）检测器存放地点应干燥。
气相色谱仪或液相色谱仪操作中，当仪器的操作条件保持不变时，任一物质的色谱峰总是在色谱图上固定的位置出现，即有一定的保留值。又包含：死时间，保留时间，校下保留时间，保留体积等等。
在液相色谱仪中保留值定性的方法主要是用直接与已知标准物对照的方法。当未知峰的保留值（t'R或V'R）与某一已知标准物完全相同时，则未知峰可能与此已知标准物是同一物质，特别是在改变色谱柱或改变洗脱液的组成时，未知峰的保留值与已知标准物的保留值仍能完全相同，则可以基本上认定未知峰与标准物是同一物质。
在利用保留值数据进行比对和定性分析时要特别注意到：由于液相色谱柱的填柱技术较复杂，液相色谱仪所使用的色谱柱的重现性目前还很不理想，即使是同一批号的柱子，重现性也不一致，这就使得使用保留值数据进行分析受到限制。因此，目前保留值数据只能作为定性分析的参考。可以根据这些数据和对样品的了解来选用已知标准物，再用这些已知标准物与未知物在同一色谱条件下直接进行对比。
比较简单的保留值定性方法是将已知标准物质加到样品中去，若使某一峰增高，而且在改变色谱柱或洗脱液的组成后，仍能使这个峰增高，则可基本认定这个峰所代表的组分与已知标准物质为同一物质。
目前一些液相色谱仪仪器配备了三维图谱检测器，如二极管阵列检测器，在进行未知组分与已知标准物质比对时，除了比较保留时间外，还可以比较两个峰的立体图形。如在使用二极管阵列检测器时，除了比较未知组分与已知标准物质的保留时间外，还可比较两者的紫外光谱图，如果保留时间一样，两者的紫外光谱图也完全一样，则可基本上认定两者是同一物质；若保留时间虽一样，但两者的紫外光谱图有较大差别，则两者不是同一物质。这种利用三维图谱比较对照的方法大大提高了保留值比较定性方法的准确性。美国Bio-Rad公司的血药分析仪（Remeeli）就是依靠三维图谱的综合数据的分析来鉴别未知药物的。
液相色谱柱都是按照严格的标准生产和测试的，如能按照以下信息使用和维护色谱柱，不但能得到更佳的检测结果，更能够延长色谱柱的使用寿命。
色谱柱的安装：
1、首先应确认柱和仪器的接头以及管路是否匹配。为减少死体积，进样阀、柱子、检测器之间的连接管路内径尽可能使用内径较小的管线，同时控制进样器、色谱柱和检测器之间连接管线的长度。安装色谱柱之前，确认流路系统中的溶剂是否正常。对分析较复杂的样品建议安装保护柱。
2、为了使色谱柱与仪器系统达较佳的连接效果，应尽量使用与色谱柱接口相匹配的螺帽和锥形接头，如原来的接头长期匹配其他类型的色谱柱，建议在连接新色谱柱前应检查匹配情况，避免造成色谱柱的损坏或因色谱柱不匹配造成的漏液。
3、使用PEEK材料的通用接头，只需用手拧紧不需要特定扳手，使用压力为5000psi；使用温度不得超过100℃。
流动相平衡：
1、在进行样品检测前，至少使用20倍柱体积流动相使色谱柱充分平衡。流动相一定要使用色谱级别的溶剂。如使用水相的缓冲液应当天配制以保持新鲜避免细菌产生。
2、流动相使用前需用微孔滤膜过滤,消除流动相中颗粒对色谱系统和色谱柱的损坏。缓冲液与其他流动相混合后应重新过滤避免溶解度变化造成产生新的沉淀。不应使用纯水作为流动相冲洗C18色谱柱，以免柱性能损坏（添加5％的有机溶剂冲洗色谱柱，同时可以达到对缓冲盐清洗的作用。还可以使色谱柱更容易平衡）。
3、流动相需脱气后使用，可避免因气泡导致的泵和检测器的工作不正常。如果测试时使用的流动相与色谱柱保存使用的流动相有较大区别，应该使用过度分布的形式进行平衡。避免由于流动相的突然变化造成柱压增加过大或流动相缓冲盐结晶造成对色谱柱和仪器系统的损坏。正相色谱柱比反相色谱柱需要更长的平衡时间。
样品制备与操作：
1、样品应当尽可能溶解在能与流动相相互溶的溶剂中。除特殊指明外，如使用强溶剂溶解样品柱子的分辨率将可能降低。
2、样品溶液在进样前应使用针头式过滤器对样品预先过滤。频繁改变流动相组成，会加速降低柱效。
3、色谱柱由高压匀浆法装填，能承受较高压力。为获得较佳分离效果，使用时请不要超过200kgf，而且避免压力突然上升或变化，否则会造成硅胶填料的破坏，减少色谱柱的使用寿命。除特殊要求外最高操作温度不要超过60℃。
保存色谱柱：
1、如果流动相含有酸或无机盐，应当先用去离子水（20倍柱体积）冲洗干净。然后用用100％乙腈或甲醇保存色谱柱。最后用柱子的接头密封，并放在稳定的环境中存放。
2、应避免色谱柱受到直接的机械冲击或摔落，避免造成色谱柱性能的降低。
色谱柱的再生：
1、用相当于20倍柱体积的溶剂按下列顺序冲洗柱子，建议按柱子的箭头方向冲洗，尽可能不反冲：冲洗时使用的的参考溶剂顺序是水、甲醇、氯仿、异丙醇、甲醇。
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