1、生物显微镜的安放应选择干燥清洁的房间，以避免光学部件发霉、金属部分生锈以及粘满灰尘。显微镜使用完毕后，即放回箱(柜)内，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操剂。 2、不要自行拆卸生物显微镜各部件；镜筒要插上接目镜或益上镣苗盖，避免灰尘从镜筒上部进入；透镜表面不要用手指碰触或拭擦，如有灰尘，先用柔软毛笔轻轻拂去，再用柔软的清洁细布拭撩，也可用擦镜纸蘸少许二甲苯或石油迷试擦，但注意不要在透镜表面划出条纹。如镜片有轻度长霉，用擦绕纸擦不去时，可用棉签蘸少许70%乙醇与30%乙迷混合液轻轻拭撩。 3、生物显微镜不可与腐蚀性酸类、减类或挥发性强的化学药品放在一起，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片；若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。但由于进行中药显微鉴定时，经常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，防止液体流到载物台上，吏不要沾到物镜上。 4、生物显微镜不应在直射阳光下暴晒，也不要放在靠近炉子或暖气的地方，以避免过剧的冷热变化引起透镜和机件的脱胶、变形或损坏。 5、清洁接生物显微镜物镜只限于外表面。接物面被药品污染后即用撩镜纸蘸少许擦镜液拭擦(不要用乙醇)；若背面须清洁时，可用柔软毛笔拂拭，或用皮吸头吸去灰尘。 6、转动粗细调比铝调焦时，动作要缓慢，不要压碎盖被片，以防接物镜和集光器受控击而损坏。 7、使用油镜后，须将镜头上的香柏油拭探干净(可用擦镜纸蘸少许二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能渗入镜头内部，否则二甲苯溶解透镜之间的粘合剂，可使镜片脱落)。 8、反光镜镜面要保护清洁，不要使水、二甲苯或香柏油透入，以免反光镜的水银脱落。 9、加机械部分不灵活，可用细绸布蘸二甲苯少钧：拭去锈和油腻(不得用乙醇，因为这些溶剂会侵蚀油漆)，再用少许液体石服润滑；旋扭过紧不要强行扭动，以免损坏。 10、有时在生物显微镜的视野中发现有污点或异物，可先转动目镜，如果这些污点跟着旋转，则可确定污点是在目镜上；否则，可移动标本片，如污点跟着移动，则污点是在标本片上。如果两者都不是，则污点是在物镜上，可先捡食物镜的前镜头，然后检查后镜头。根据不问情况进行清洁处理。 有时视野的一部分不清晰，这可能是物镜或目镜的前透镜表面有指印或灰尘，也可能是标本片做得不好或显微镜用法不当，如照明系统末调好等原因，应查明情况，分别解决。 11、生物显微镜用毕后，应将各部分擦拭干净，格接物镜转成八字形，然后将镜筒和集光器下降固定，再将反光镜的镜面置垂直的位置。
一、正确安装
使用前，首先要把显微镜的目镜和物镜安装上去。目镜的安装极为简单，主要的问题在于物镜的安装，由于物镜镜头较贵重，万一学生安装时螺纹没合好，易摔到地上，造成镜头损坏，所以为了保险起见，强调学生安装物镜时用左手食指合中指托住物镜，然后用右手将物镜装上去，这样即使没安装好，也不会摔到地上。
二、正确对光
对光是使用显微镜时很重要的一步，有些学生在对光时，随便转一个物镜对着通光孔，而不是按要求一定用低倍镜对光。转动反光镜时喜欢用一只手，往往将反光镜扳了下来。所以教师在指导学生时，一定要强调用低倍镜对光，当光线较强时用小光圈，平面镜，而光线较弱时则用大光圈，凹面镜，反光镜要用双手转动，当看到均匀光亮的圆形视野为止。光对好后不要随便的移动显微镜，以免光线不能准确的通过反光镜进入通光孔。
三、正确使用准焦螺旋
使用准焦螺旋调节焦距，找到物象可以说是显微镜使用中重要的一步，也是学生感觉较为困难的一步。学生在操作中极易出现以下错误：一是在高倍镜下直接调焦;二是不管镜筒上升或下降，眼睛始终在目镜中看视野；三是不了解物距的临界值，物距调到2～3厘米时还在往上调，而且转动准焦螺旋的速度很快。前两种错误结果往往造成物镜镜头抵触到装片，损伤装片或镜头，而第三种错误则是学生使用显微镜时常见的一种现象。针对以上错误，教师一定要向学生强调，调节焦距一定要在低倍镜下调，先转动粗准焦螺旋，使镜筒慢慢下降，物镜靠近载玻片，但注意不要让物镜碰到载玻片，在这个过程中眼睛要从侧面看物镜，然后用左眼朝目镜内注视，并慢慢反向调节粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看到物像为止，同时向学生说明一般显微镜的物距在1厘米左右，所以如果物距已远远超过1厘米，但仍未看到物象，那可能是标本未在视野内或转动粗准焦螺旋过快，此时应调整装片位置，然后再重复上述步骤，当视野中出现模糊的物象时，就要换用细准焦螺旋调节，只有这样，才能缩小寻找范围，提高找到物象的速度。
四、物镜转换
使用低倍镜后换用高倍镜，学生往往喜欢用手指直接推转物镜，认为这样比较省力，但这样容易使物镜的光轴发生偏斜，原因是转换器的材料质地较软，精度较高，螺纹受力不均匀很容易松脱。一旦螺纹破坏，整个转换器就会报废。教师应指导学生手握转换器的下层转动扳转换物镜。
五、光学玻璃清洗
光学玻璃用于的镜头、棱镜、镜片等。在制造和使用中容易沾上油污、水湿性污物、指纹等，影响成像及透光率。清洗光学玻璃，应根据污垢的特点、不同结构，选用不同的清洗剂，使用不同的清洗工具，选用不同的清洗方法。清洗镀有增透膜的镜头，如照相机、幻灯机、显微镜的镜头，可用20%左右的酒精和80%左右的乙醚配置清洗剂进行清洗。清洗时应用软毛刷或棉球沾有少量清洗剂，从镜头中心向外做圆运动。切忌把这类镜头浸泡在清洗剂中清洗，清洗镜头时不要用力擦拭，否则会损伤增透膜，损坏镜头。
清洗棱镜、平面镜的方法，可依照清洗镜头的方法进行。
使用上述清洗剂也能清洗光学玻璃上的油脂性雾、水湿性雾和油水混合性雾，其清洗方法和清洗镜头的方法相似。
光学玻璃表面发霉，是一种常见现象。当光学玻璃生霉后，光线在其表面发生散射，使成像模糊不清，严重者将使仪器报废。光学玻璃生霉的原因多是因其表面附有微生物孢子，在温度、湿度适宜，又有所需“营养物”时，便会快速生长，形成霉斑。对光学玻璃做好防霉防污尤为重要，一旦产生霉斑应立即清洗。
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