菌落计数器有手动计数与自动计数二种选择。其中的手动计数器因费时又费力所以逐渐的被市场淘汰，取而代之的就是全自动计数器。全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。如何选型，才能获得性能卓越的菌落计数仪，并取得高性价比呢？这得从该类仪器的原理来解释。现今面市的所有全自动菌落计数仪均是采用成像分析法实现自动计数的，即由成像硬件+分析软件所组成，这二块内容的任何一块上出现失分，都会严重影响计数分析结果的稳定性。 成像硬件的选型 成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。然而，拍照成像的致命弱点是：成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，想要做到图像中心与边缘保持完全一致，是不可能的。从而引起平皿上亮度的不一致，这就严重干扰了菌落目标的自动识别。因此，如果要选购拍照成像的，其分析软件就一定要具有背景矫正功能，以便自动改善成像的效果。扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，因此光线强度非常均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的根本上解决了菌落目标的亮度不匀问题，因此计数分析非常稳定。目前，以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）扫描6个90mm直径平皿的速度，暗视野成像约12秒、背光成像约20秒，就其成像速度而言，与单反相机、卡片机拍照成像的速度相当。由于扫描成像的光线均匀度远远高于拍照成像，为获得高质量的成像效果，以便实现“傻瓜式”分析。扫描成像的另一优点是：成像分辨率可调，单平皿成像最高可达4800dpi（即：25.4／4800＝0.00529mm/像素），是任何拍照成像远不及的。可以预期：扫描成像将很快成为主流选择。 分析软件的选型 分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑：对于各类成像干扰的自动排除能力。比如：是否能自动矫正背景，等等。另外，对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标。尤其是：对于同类菌落的“一键”化的智能分类计数能力，以及对于菌落计数分类的自动识别学习能力，更是评价分析软件的关键考量指标。现在比较好的分析软件，还集成了对6个90mm直径平皿的抑菌圈全自动测量功能，以及对抗生素效价分析、药敏分析功能，可避免用户重复购置成像用的硬件。一般分析软件都具应具备对于分析结果和标记图像的保存、查看功能。 精准、稳定的傻瓜式操作 全自动菌落计数仪就是为了减轻工作人员工作强度的，在现今的高技术下，若还需要估算才能测出菌落数的话，应是比较落后了。可以的是：能“不变应变”精准、稳定地傻瓜式操作的分析软件，其对于菌落形态和样品状态的不确定性，能够自动适应，以避免不断地调节菌落分割参数，其较多由对话交互来擦除那些个污染部分，即可。
菌落计数器由计数器、探笔、计数池等部分组成，计数器采用CMOS集成电路精心设计，LED数码管显示，字高13mm，清晰明亮，配合专用探笔，计数灵敏准确，菌落对比清楚。便于观察。可广泛用于食品、饮料、药品、生物制品、化妆品、卫生用品、饮用水、生活污水、工业废水、临床标本中细菌数的检验。那么菌落计数器都是怎样进行计数的呢？上海巴玖来为您详细讲解菌落计数器的计数方法。
1.计数器测定法
即用血细胞计数器进行计数。取一定体积的样品细胞悬液置于血细胞计数器的计数室内，用显微镜观察计数。由于计数室的容积是一定的(O.1mm3)，因而根据计数器刻度内的细菌数，可计算样品中的含菌数。本法简便易行，可立即得出结果（本法不仅适于细菌计数，也适用于酵母菌及霉菌孢子计数）。
2.电子计数器计数法
电子计数器的工作原理是测定小孔中液体的电阻变化，小孔仅能通过一个细胞，当一个细胞通过这个小孔时，电阻明显增加，形成一个脉冲，自动记录在电子记录装置上。
该法测定结果较准确，但它只识别颗粒大小，而不能区分是否为细菌。因此，要求菌悬液中不含任何碎片。
3.活细胞计数法
常用的有平板菌落计数法，是根据每个活的细菌能长出一个菌落的原理设计的。取一定容量的菌悬液，作一系列的倍比稀释，然后将定量的稀释液进行平板，根据培养出的菌落数，可算出培养物中的活菌数。此法灵敏度高，是一种检测污染活菌数的方法，也是目前国际上许多国家所采用的方法。使用该法应注意：①一般选取菌落数在30～300之间的平板进行计数，过多或过少均不准确；②为了防止菌落蔓延，影响计数，可在培养基中加入O．001％2，3，5一氯化三苯基四氮唑(TTC)；③本法限用于形成菌落的微生物。
广泛应用于水、牛奶、食物、药品等各种材料的细菌检验，是常用的活菌计数法。
4.比浊法
比浊法是根据菌悬液的透光量间接地测定细菌的数量。细菌悬浮液的浓度在一定范围内与透光度成反比，与光密度成正比，所以，可用光电比色计测定菌液，用光密度(OD值)表示样品菌液浓度。
此法简便快捷，但只能检测含有大量细菌的悬浮液，得出相对的细菌数目，对颜色太深的样品，不能用此法测定。
5.测定细胞重量法
此法分为湿重法和干重法。湿重法系单位体积培养物经离心后将湿菌体进行称重；干重法系单位体积培养物经离心后，以清水洗净放人干燥器加热烘干，使之失去水分然后称重。此法适于菌体浓度较高的样品，是测定丝状真菌生长量的一种常用方法。
6.测定细胞总氮量或总碳量
氮、碳是细胞的主要成分，含量较稳定，测定氮、碳的含量可以推知细胞的质量。此法适于细胞浓度较高的样品。
7、颜色改变单位法（colour change unit,简称CCU）
这种方法通常用于很小，用一般的比浊法无法计数的微生物，比如支原体等，因为支原体的液体培养物是完全透明的，呈现为清亮透明红色，因此无法用比浊法来计数，由于支原体固体培养很困难，用cfu法也不容易计数，因此需要用特殊的计数方法，即CCU法。它是以微生物在培养基中的代谢活力为指标，来计数微生物的相对含量的。
菌落计数器使用方法：
1将电源插头插入实验室220伏电源插座内。
2.将探笔插头插入仪器上的探笔插孔内。
3.将电源开关拨向“开”，计数池内灯亮。同时显示窗内显示明亮的“000”，表示允许进行计数。
4.将待检的培养皿，皿底朝上放入计数池内。
5.用探笔在培养底面对所有的菌落逐个点数。此时，菌落处被抹上颜色，显示窗内数字自动累加。
6.用放大镜仔细检查，确认点数无遗漏，计数即已完毕。
7．显示窗内的数字即为该培养皿的菌落数。
8.记录数字后取出培养皿，按“复0”按钮，显示恢复“000”。为另一培养皿的计数做好准备。
菌落计数器注意事项:
1.仪器应放置在平整牢固的试验台上使用。
2.点数菌落时，探笔不要过于倾斜，轻轻点下至有弹跳感时，数字即被输入。
3.仪器应防潮，放剧烈震动，防直接日光曝晒防酸碱侵蚀。用后应加防尘罩。
4.注意防止细菌培养物污染计数池。
5.仪器及探笔均不能随意拆卸。若发现故障，应请有经验的技术人员检修。
菌落计数是微生物实验中比较普遍的实验之一，菌落计数器利用图像采集器采集图像,通过计算机对图像进行分析,自动计数和测量细菌在固体培养基上生长而形成的肉眼可见的菌落或菌斑，是统计物品含菌数的有效方法，广泛用于食品、饮料、药品、生物制品、化妆品、卫生用品、饮用水、生活污水、工业废水、临床标本中细菌数的检验。
菌落计数器的使用：
1、将电源插头插入220伏电源插座内。
2、将计数笔插头插入仪器上的插孔内。
3、将电源开关拨向“开”，计数池内灯亮，同时数字显示应为“000”，表示允许进行计数。如数字不为“000”，应按复零键
4、将待检的培养皿(皿底朝上)，放入计数池内。
5、用计数笔在培养皿底面对所有的菌落逐个点数。每个数一个应听到“嘟”声才说明有效，否则应重点。此时，点到的菌落被标上颜色，显示数字自动累加。
6、用放大镜仔细检查，确认点数无遗漏，计数即已完毕。
7、显示的数字即为该培养皿内的菌落数。
8、记录数字后取出培养皿。按复“0”键，显示恢复“000”，为另一培养皿的计数作好准备。
菌落计数器的注意事项：
1、仪器应放置在平整牢固的实验台上使用。
2、点数菌落时，计数笔不要过于倾斜，轻轻点下至有弹跳感，听到“嘟”声即可，如点按过重，易损坏计数笔。
3、仪器应防潮、防剧烈震动、防直接日光暴晒、防酸碱侵蚀，用后应加防尘罩。
4、注意防止细菌污染计数池。
5、如仪器发生不计数的问题，可按检验键。如计数，说明计数笔坏。如仍不计数，说明仪器本身有问题，若发现故障，请不要随意拆卸，应请有经验的技术人员检修。
菌落计数器的作用：
食品杀菌技术近几年来逐渐被食品企业认可的一种方式。该技术在工人工作的同时，可以同步对空间空气杀菌，对人体没有任何伤害。
使得经高温后基本无菌的食品半成品，流转至冷却、挑选、包装及灌装等环节时，有效降低或避免这些空气中含有的微生物附着在食品表面，再次污染食品，有效提高车间空气和食品卫生质量。
极大的避免了休闲食品企业在检测中出现菌落总数超标的现象。另外菌落计数器在这一技术中起到了非常重要的作用，菌落计数器可以把菌种放大2倍以上，以避免人为的失误。
菌落计数器是一种数字显示式自动细菌检验仪器。由计数器、探笔、计数池等部分组成，计数器采用CMOS集成电路精心设计，LED数码管显示，字高13mm，清晰明亮，配合专用探笔，计数灵敏准确。黑色背景式记数池内，荧光灯照明，菌落对比清楚，便于观察。
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