在日常分离分析工作中，色谱柱的正确使用和维护十分重要，色谱柱使用是否得当，直接影响色谱柱的寿命，稍有不慎就会降低柱效、缩短使用寿命甚至损坏。在色谱操作过程中，需要注意下列问题，以维护色谱柱。
(1)柱子在装卸、更换时，动作要轻，接头拧紧要适度。必须防止较强的机械振动，以免柱床产生空隙。
(2)如果仪器用来做仪器分析 ，样品种类有限，但分析次数多，则不妨为每一类常规分析配置一根专用柱，这样有助于延长柱子的寿命。
(3)避免压力和温度的急剧变化及任何机械震动。温度的突然变化或者使色谱柱从高处掉下都会影响柱内的填充状况;柱压的突然升高或降低也会冲动柱内填料，因此在调节流速时应该缓慢进行，在阀进样时阀的转动不能过缓。
(4)应逐渐改变溶剂的组成，特别是反相色谱中，不应直接从有机溶剂改变为全部是水，反之亦然。
(5)如使用柱温控制装置时，应注意在通人流动相后才能升温。
(6)一般说来色谱柱不能反冲，只有生产者指明该柱可以反冲时，才可以反冲除去留在柱头的杂质。否则反冲会迅速降低柱效。
(7)选择使用适宜的流动相，以避免固定相被破坏。有时可以在进样器前面连接一个预柱，分析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使流动相在进入分析柱之前预先被硅胶“饱和”，避免分析柱中的硅胶基质被溶解。
(8)避免将基质复杂的样品尤其是生物样品直接注人柱内，需要对样品进行预处理或者在进样器和色谱柱之间连接一个保护柱。保护柱一般是填有相似固定相的短柱。保护柱可以而且应该经常更换。
(9)经常用强溶剂冲洗色谱柱，清除保留在柱内的杂质。在进行清洗时，对流路系统中流动相的置换应以相混溶的溶剂逐渐过渡，每种流动相的体积应是柱体积的20倍左右，即常规分析需要50-75mL。
(10)保存色谱柱时应将柱内充满乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，防止溶剂挥发干燥。绝对禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或更长时间。
(11)色谱柱使用过程中，如果压力升高，一种可能是烧结滤片被堵塞，这时应更换滤片或将其取出进行清洗;另一种可能是大分子进人柱内，使柱头被污染;如果柱效降低或色谱峰变形，则可能柱头出现塌陷，死体积增大。
(12)在完成分离分析工作之后，不应立即停机，需及时对色谱分析系统进行冲洗，一般0.5h以上，以除去色谱柱内的杂质
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色谱柱的安装：
1)将液相色谱装置中的流动相完全置换后再连接色谱柱，并完全排出流路内的空气。
装置内的液体和所使用的流动相不能相溶的情况下，使用双方都能相溶的液体做过渡。比如从水置换到氯仿的情况，就需要使用丙酮做过渡，才能完全置换。
将盐溶液置换成有机溶剂的时候，需要通过纯水、丙酮的顺序来进行置换。相反，从有机溶剂转换成盐溶液的情况下，需要通过丙酮、纯水的顺序置换。
不仅仅是泵，流动相流动的所有流路都必须进行置换。例如，注入样品的情况，软管内的液体也需要置换。另外，如果使用压力计等别的软管的情况，取下来的管子也必须由流动相洗净后才能继续使用。
2)色谱柱保存方法不对或者长期不使用的情况下，色谱柱的出入口可能会有空气残留。这种情况下，必须先把空气完全排出后才连接到装置中。
避免快速加热，加热温度不要超过色谱柱的最高负荷温度。
把柱子入口侧的螺栓打开，然后加温(一般加温到手心感到温暖的程度就足够了)，等液体满出来以后接到装置上。然后，打开出口处的螺栓，用泵送液，等确认出口处有液体流出后，连接到装置中。这样操作，就算后面再连接一根色谱柱也能完全除去空气。
3)在泵运作的时候连接色谱柱。确保能让流动相按照色谱柱上箭头的方向流动的状态连接色谱柱。
4)色谱柱加温使用的时候，先用0.2～0.3mL/min的低流量一边送液一边升温。达到所定温度后，再渐渐的增加流量至测定流量。
5)色谱柱需要安定时间。连接到装置中立即进行测试的情况下，第一次很难得到好的分析结果。
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