商品凝胶是干燥的颗粒，通常以40~63um的使用较多。凝胶使用前需要在洗脱液中充分溶涨一至数天，如在沸水浴中将湿凝胶逐渐升温到近沸，则溶涨时间可以缩短到1~2小时。凝胶的溶涨一定要完全，否则会导致色谱柱的不均匀。热溶涨法还可以杀死凝胶中产生的细菌、脱掉凝胶中的气泡。
2、装柱
由于凝胶的分离是靠筛分作用，所以凝胶的填充要求很高，必须要使整个填充柱非常均匀，否则必须重填。凝胶在装柱前，可用水浮选法去除凝胶中的单体、粉末及杂质，并可用真空泵抽气排出凝胶中的气泡。可以购买商品中的玻璃或有机玻璃的凝胶空柱，在柱的两端皆有平整的筛网或筛板。将柱垂直固定，加入少量流动相以排除柱中底端的气泡，在加入一些流动相于柱中约1/4的高度。柱顶部连接一个漏斗，颈直径约为柱颈的一半，然后在搅拌下、缓慢的、均匀地、连续地加入已经脱气的凝胶悬浮液，同时打开色谱柱的毛细管出口，维持适当的流速，凝胶颗粒将逐层水平式上升，在柱中均匀地沉积，直到所需高度位置。最后拆除漏斗，用较小的滤纸片轻轻盖住凝胶床的表面，再用大量洗脱剂将凝胶床洗涤一段时间。
3、柱均匀性检查
凝胶色谱的分离效果主要决定于色谱柱装填得是否均匀，在对样本运行分离之前，对色谱柱必须运行是否均匀的检查。由于凝胶在色谱柱中是半透明的，检查方法可在柱旁放一至于柱平行的日光灯，用肉眼观察柱内是否有“纹路”或气泡。也可向色谱柱内加入有色大分子等，加入物质的分子量应在凝胶柱的分离范围，如果观察到柱内谱带窄、均匀、平整，即说明色谱柱性能良好；如果色带出现不规则、杂乱、很宽时必须重新装填凝胶柱。
4、上样
凝胶柱装好后，一定要对柱用流动相运行很好的平衡处理，才能上样。凝胶柱的上样也是一个非常重要的因素，总的原则是要使样本柱塞尽量的窄和平整。为了防止样本中的一些沉淀物污染色谱柱，一般在上柱前将样本过滤或离心。样本溶液的浓度应该尽可能的大一些，但如果样本的溶解度与温度有关时，必须将样本适当稀释，并使样本温度与色谱柱的温度一致。当一切都准备好后，这时可打开色谱柱的活塞，让流动相与凝胶床刚好平行，关闭出口。用滴管吸取样本溶液沿柱壁轻轻地加入到色谱柱中，打开流出口，使样本液渗入凝胶床内。当样本液面恰与凝胶床表面平时，再次加入少量的洗脱剂冲洗管壁。重复上述操作及此，每一次的关键是既要使样本恰好全部渗入凝胶床，又不致使凝胶床面干燥而发生裂缝。随后可慢慢地逐步加大洗脱剂的量运行洗脱。整个过程一定要仔细，避免破坏凝胶柱的床层。
5、冲洗
凝胶色谱的流动相一半多采用水或缓冲溶液，少数采用水与一些极性有机溶剂的混合溶液，除此之外，还有个别比较特殊的流动相系统，这要根据溶液分子的性质来决定。加完样本后，可将色谱床与洗脱液贮瓶及收集器相连，设置好一个适宜的流速，就可以定量地分布收集洗脱液。然后根据溶质分子的性质选择光学、化学或陶粒滤料学的方法运行定性和定量测定。
6、再生
因为在凝胶色谱中凝胶与溶质分子之间原则上不会发生任何作用，因此在一次分离后用流动相稍加平衡就可以运行下一次的色谱操作。但在实际应用中常有一定的污染物污染凝胶。对已沉积于凝胶床表面的不溶物可把表层凝胶曲调，在适当增补一些新的溶涨胶，并运行重新平衡处理；如果整个柱有微量污染，可用0.5molNaCl溶液洗脱。在通常情况下，一根凝胶柱可使用半年之久。
凝胶柱若经多次使用后，其色泽改变，流速降低，表面有污渍等就要对凝胶运行再生处理。凝胶的再生是指用恰当的方法除去凝胶中的污染物，使其恢复其原来的性质。交联葡萄糖凝胶厂用温热的0.5mol/L氢氧化钠和0.5mol/L的氯化钠和混合液浸泡，用水冲洗到中性；而对于聚丙烯酰胺和琼脂糖凝胶由于遇酸碱不稳定，则常用盐溶液浸泡，然后用水冲到中性。
7、保存
经常使用的凝胶以湿态保存为主，为了避免凝胶床染菌，可加少许氯仿、苯酚或硝基苯等化学物质，它可以使色谱柱放置几个月至一年。凝胶的干燥应先对凝胶运行浮选，除去细小的颗粒，并用大量水洗，除去盐和污染物，然后逐步增加一春浓度使凝胶收缩，在60~80度干燥，在整个操作过程中的蒸馏水、器皿和房间必须干净。琼脂糖凝胶的干燥操作比较麻烦，并且干燥后还不容易溶张，所以一般仍以湿态保存为主。
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糖检测色谱柱特点：
1.柱寿命更长：杂化键和相技术使得这款糖柱兼有硅胶柱的耐压性与聚合物柱的酸碱耐受性。
2.基线更稳定：与常规的用于分析糖的硅胶氨基柱比较，即使使用梯度洗脱也没有基线漂移问题。
3.可兼容使用在梯度洗脱条件下的ELSD检测。
糖检测色谱柱使用时注意事项：
1.为避免管路中的有机溶剂和气泡进入糖检测色谱柱，先用水冲洗整个色谱系统,然后才能接入糖检测色谱柱。
2.不要让有机溶剂进入柱中，否则会使填料脱水，导致柱床损坏，要小流速开启泵，不要快速加大流速，以防止压力迅猛升高而导致柱床损坏。15mm的柱子流速不要超过3ml/min。
3.每次使用后务必用蒸馏水冲洗干净将含盐的流动相置换干净，若较长时间不用请按保存方法保存。
糖检测色谱柱保存方法：
1.将糖检测色谱柱用蒸馏水冲净后充上0.02%-0.05%的叠氮钠水溶液封存,或三氯丁醇(0.015%)苯基汞代盐(0.001-0.01%)将糖检测色谱柱封闭后低温保存(温度在5℃左右)在冰箱。
2.再次使用时,用蒸馏水将保护溶液冲洗掉即可使用。
3.如果第二天还要使用也要从系统中取下，将柱封闭后存于4~8度的冰箱中冷藏。
色谱柱是高效液相的心脏，在液相色谱仪的使用中，保持色谱柱的柱效、容量和渗透性，延长柱子的使用寿命是非常重要。色谱柱压力过高、过低都属于柱压问题。色谱柱压升高一般是由于柱床内产生了杂质，造成流体阻力加大所致。下面大致总结为以下几个方面：
1、流动相的前处理：
流动相或杨平中杂质堵塞色谱柱进口滤片，导致压力升高。这是由于流动相可能没有过滤，或过滤不彻底，使固体杂质滞留于滤板上所致。另一个方面也可能没有使用预保护柱所致。
2、样品的沉淀：
当流动相与溶解样品的溶剂不一致时，样品进入色谱柱时，可能因溶解度降低而沉淀出来吸附于柱内，造成压力升高。
3、晶体的析出：
使用含有缓冲液的流动相时，缓冲液中的无机盐可能会残留在体系之中，它们会因在新流动相中的溶解度降低而析出阻塞而压力升高。
4、细菌或霉菌滋生：
流动相中、管路中或柱子进口处繁殖、生长霉菌堵塞滤板，导致压力升高。所以在使用磷酸盐缓冲液时一般要现配现用。
5、溶质吸附：
一些溶质在色谱柱上有较强大的吸附力，洗脱时流动相也难以清除掉，累积的未洗脱溶质也会造成阻力增大从而造成压力升高。
6、流动相更换过度较快：
当改变流动相体系时，不彻底的更换使不同性质、互不混溶的流动相存在于同一个体系之中，也会造成压力升高。
7、压力脉冲：
运行过程中，有时会产生整个液相色谱仪系统内压力的突然升降。如泵压力变化，此所形成的压力脉冲会造成多孔填料的崩坏和柱床结构的微小变化，填料微屑的长期积累也可能会使柱床阻力增大，造成压力升高。
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