色谱柱的正确使用和维护十分重要，稍有不慎就会降低柱效、缩短使用寿命甚至损坏。在色谱操作过程中，需要注意下列问题，以维护色谱柱。
1.避免压力和温度的急剧变化及任何机械震动。温度的突然变化或者使色谱柱从高处掉下都会影响柱内的填充状况；柱压的突然升高或降低也会冲动柱内填料，因此在调节流速时应该缓慢进行，在阀进样时阀的转动不能过缓（如前所述）。
2.选择使用适宜的流动相（尤其是pH），以避免固定相被破坏。有时可以在进样器前面连接一预柱，分析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使流动相在进入分析柱之前预先被硅胶“饱和”，避免分析柱中的硅胶基质被溶解。
3.应逐渐改变溶剂的组成，特别是反相色谱中，不应直接从有机溶剂改变为全部是水，反之亦然。
4.一般说来色谱柱不能反冲，只有生产者指明该柱可以反冲时，才可以反冲除去留在柱头的杂质。否则反冲会迅速降低柱效。
5.避免将基质复杂的样品尤其是生物样品直接注入柱内，需要对样品进行预处理或者在进样器和色谱柱之间连接一保护柱。保护柱一般是填有相似固定相的短柱。保护柱可以而且应该经常更换。
6.经常用强溶剂冲洗色谱柱，清除保留在柱内的杂质。在进行清洗时，对流路系统中流动相的置换应以相混溶的溶剂逐渐过渡，每种流动相的体积应是柱体积的20倍左右，即常规分析需要50~75ml。
7.色谱柱使用过程中，如果压力升高，一种可能是烧结滤片被堵塞，这时应更换滤片或将其取出进行清洗；另一种可能是大分子进入柱内，使柱头被污染；如果柱效降低或色谱峰变形，则可能柱头出现塌陷，死体积增大。
8.保存色谱柱时应将柱内充满乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，防止溶剂挥发干燥。绝对禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或更长时间。
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色谱柱是装填有固定相用以分离混合组分的柱管。多为金属或玻璃制作。有直管形、盘管形、U形管等形状。色谱作为一种分离技术与方法，自本世纪初起已经有100多年的历史了，现在已经成为分析化学学科中的一个重要的分支。在人类进入新时代之际，人们面临着在信息科学、生命科学、材料科学、环境科学等领域的快速发展的挑战，在这些领域人才的需求成为国家高度发展的至关重要的因素。
色谱柱在使用前，可以进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为今后评价柱性能变化的参考。但要注意：柱性能可能由于所使用的样品、流动相、柱温等条件的差异而有所不同；另外，在做柱性能测试时是按照色谱柱出厂报告中的条件进行，只有这样，测得的结果才有可比性。我们在对色谱柱使用前进行测试以后，我们要根据不同的情况对色谱柱进行保养：
①反相色谱柱每天实验后的保养：使用缓冲液或含盐的流动相，实验完成后应用10%的甲醇/水冲洗30分钟，洗掉色谱柱中的盐，再用甲醇冲洗30分钟。注意：不能用纯水冲洗柱子，应该在水中加入10%的甲醇，防止将填料冲塌陷。
②长期保存色谱柱：如色谱柱要长时间保存，必须存于合适的溶剂下。对于反相柱可以储存于纯甲醇或乙腈中，正相柱可以储存于严格脱水后的纯正己烷中，离子交换柱可以储存于水中，并将购买新色谱柱时附送的堵头堵上。储存的温度可以是室温。
加强色谱柱的维护与保养对于高压液相色谱的发展有着重要的意义，高压液相色谱系统其中就包括色谱柱，因此，加强色谱柱的维护与保养有利于高压液相色谱的发展，推动我国的医疗事业的发展。
色谱柱是高效液相的心脏，在液相色谱仪的使用中，保持色谱柱的柱效、容量和渗透性，延长柱子的使用寿命是非常重要。色谱柱压力过高、过低都属于柱压问题。色谱柱压升高一般是由于柱床内产生了杂质，造成流体阻力加大所致。下面大致总结为以下几个方面：
1、流动相的前处理：
流动相或杨平中杂质堵塞色谱柱进口滤片，导致压力升高。这是由于流动相可能没有过滤，或过滤不彻底，使固体杂质滞留于滤板上所致。另一个方面也可能没有使用预保护柱所致。
2、样品的沉淀：
当流动相与溶解样品的溶剂不一致时，样品进入色谱柱时，可能因溶解度降低而沉淀出来吸附于柱内，造成压力升高。
3、晶体的析出：
使用含有缓冲液的流动相时，缓冲液中的无机盐可能会残留在体系之中，它们会因在新流动相中的溶解度降低而析出阻塞而压力升高。
4、细菌或霉菌滋生：
流动相中、管路中或柱子进口处繁殖、生长霉菌堵塞滤板，导致压力升高。所以在使用磷酸盐缓冲液时一般要现配现用。
5、溶质吸附：
一些溶质在色谱柱上有较强大的吸附力，洗脱时流动相也难以清除掉，累积的未洗脱溶质也会造成阻力增大从而造成压力升高。
6、流动相更换过度较快：
当改变流动相体系时，不彻底的更换使不同性质、互不混溶的流动相存在于同一个体系之中，也会造成压力升高。
7、压力脉冲：
运行过程中，有时会产生整个液相色谱仪系统内压力的突然升降。如泵压力变化，此所形成的压力脉冲会造成多孔填料的崩坏和柱床结构的微小变化，填料微屑的长期积累也可能会使柱床阻力增大，造成压力升高。
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