离子色谱仪分析过程由进样(样品环进样)、分离(离子交换柱分离)、抑制(抑制器)、检测系统和数据系统五部分组成。
基本操作步骤
1、开机前的准备：打开实验室空调，根据样品的检测条件和色谱柱的条件配置所需淋洗液和再生液。
2、开机：依次打开打印机、计算机进入操作系统;打开氮气钢瓶总阀，调节钢瓶减压阀分压表指针为0.2MPa左右，再调节色谱主机上的减压表指针为5psi左右，确认离子色谱仪与及计算机数据线连接正常，打开离子色谱主机电源;点击开始、程序、Chromeleon、severmonitor、双击桌面上工作站程序、双击安装目录下离子色谱操作控制面板;操作控制面板打开后选中connected使软件与离子色谱仪联动起来，打开泵头废液阀排除泵和管路里的气泡，关闭泵头废液阀，开泵启动仪器，查看基线，待基线稳定后方可进样分析
3、样品分析：建立程序文件;建立方法文件;建立样品表文件;加样品到自动进样器或手动进样;启动样品表;若是手动进样，按系统提示逐个进样分析。
4、数据处理：建立标准曲线;打印标准曲线;打印待测样品分析报告5、关机：关闭泵，关闭操作软件;关闭离子色谱主机电源;关闭氮气钢瓶总阀并将减压表卸压;关闭计算机、显示器和打印机电源三、注意事项
1、以外情况处理：仪器工作中遇到突然停电时，应该立即关闭离子色谱仪主机电源开关，然后关闭计算机、显示器和打印机电源
2、维护和保养：保持泵头无气泡，每周至少开一次机，若长时间未开机，请在开泵之前排除泵头气泡(先逆时针旋松泵头废液阀排气泡，观察管路，无气泡后拧紧泵头废液阀，但不要过紧。)
将原系统卸下后，原来接柱的地方用黑色两通接头链接，将淋洗液瓶盖管路放入盛有去离子水的容器中，开泵冲洗，用PH试纸检测流出的废液至中性，关泵再将淋洗液瓶盖管路放入所要更换的淋洗液瓶中，开泵冲洗，用PH试纸检测流出的废液至该淋洗液的酸碱性，最后关泵，卸去刚才所接的两通管，将所需要更换的系统按其指示标签及管路标签正确连接。
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离子色谱仪维护主要就是几大部件的维护，以下将按照流路顺序为大家介绍下各部件的维护注意事项：
滤头：
流动相起始部位，长期置于超纯水中，保持湿润状态，但是水是容易变质的，所以要经常换水，以免生出藻类和菌类堵塞滤头，造成系统压力升高，或者会吸入泵头内造成单向阀的污染，引起压力不稳，流速不定。
恒流泵：
每天做完实验对泵头进行清洗和后冲洗是很重要的，泵头内比较重要的部件就是单向阀，宝石杆，高压密封圈，一般出问题的地方也是这几个地方，使用碱性试剂很容易结晶，容易划伤这些部位，所以要保证完整充分的清洗。如果长期不使用仪器，也要定期进行清洗工作。
进样阀：
进样阀如果污染了会很容易造成堵塞和一些莫名其妙的问题，所以每次做完实验可以是对进样阀进行一些清洗工作，避免残留和污染，清洗完后想办法盖上进样口，防止灰尘污染。
色谱柱：
色谱柱在淋洗液的环境中密封保存就可以了，尽量避免用水去冲洗，因为色谱柱在酸性或者碱性条件下更容易抑制细菌的生长，而且更接近于使用环境，如果纯水保存很容易变质，另外色谱柱最难承受有机物和重金属的干扰，进样品尽量避免此两种物质进入。如果长时间不使用色谱柱，也要定期使用淋洗液进行清洗，防止内部干燥和细菌生长。
抑制器：
抑制器重要的是内部要保持湿润，所以如果长期不使用一定要定期进行冲洗，冲洗完毕后将几个与大气相同的端口封闭保存。另外如果没有液体经过抑制器时，绝对不能开电流，否则内部的交换膜会被电解干裂，造成损坏。
电导检测器：
也是定期冲洗，如果你一段时间不使用仪器，你可能会看到电导值居高不下，就是因为抑制器内或者电导池内的水变质引起的，多冲洗一下就会降下来，但是也说明了维护不够，可以是定期通水维护为好。
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