一、取镜和安放
1.右手握住镜臂，左手托住镜座。
2.把显微镜放在实验台上，略偏左(显微镜放在距实验台边缘7厘米左右处)。安装好目镜和物镜。
二、对光
转动转换器，使低倍物镜对准通光孔(物镜的前端与载物台要保持2厘米的距离);把一个较大的光圈对准通光孔。左眼注视目镜内(右眼睁开，便于以后同时画图)。转动反光镜，使光线通过通光孔反射到镜筒内。通过目镜，可以看到白亮的视野。
三、观察
1.把所要观察的玻片标本(也可以用印有“6”字的薄纸片制成)放在载物台上，用压片夹压住，标本要正对通光孔的中心。
2.转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓下降，直到物镜接近玻片标本为止(眼睛看着物镜，以免物镜碰到玻片标本)。
3.左眼向目镜内看，同时反方向转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看清物像为止。再略微转动细准焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
4.高倍物镜的使用：使用高倍物镜之前，必须先用低倍物镜找到观察的物象，并调到视野的正中央，然后转动转换器再换高倍镜。换用高倍镜后，视野内亮度变暗，因此一般选用较大的光圈并使用反光镜的凹面，然后调节细准焦螺旋。观看的物体数目变少，但是体积变大。
四、整理
实验完毕，把显微镜的外表擦拭干净。转动转换器，把两个物镜偏到两旁，并将镜筒缓缓下降到最低处，反光镜竖直放置。最后把显微镜放进镜箱里，送回原处。
五、使用原则
先将低倍物镜的位置固定好，然后放置标本片，转动反光镜，调好光线，将物镜提高，向下调至看到标本，再用细调对准焦距进行观察。除少数显微镜外，聚光镜的位置都要放在zui高点。如果视野中出现外界物体的图像，可以将聚光镜稍微下降，图像就可以消失。聚光镜下的虹彩光圈应调到适当的大小，以控制射入光线的量，整理增加明暗差。
六、注意事项
1、生物显微镜防高热
生物显微镜是由精密的机械和光学镜头组成的，由于各种材料热膨胀系数不同，所以显微镜不能在阳光下曝晒，也不能放在靠近火炉和暖气的地方。只能室温存放，其工作的温度范围一般为5℃～40℃。
2、生物显微镜防潮
生物显微镜如果长期受潮，透镜很容易发霉，表面还会腐蚀，所以应在干燥环境下保存。在31℃时湿度不得>80%，温度每升高3℃，相对湿度要设法降低10%。
3、生物显微镜防尘
生物显微镜灰尘不仅会影响成像质量，而且灰尘中往往也带有含酸、碱等腐蚀性的尘粒，容易腐蚀镜面。而硬度大的尘粒在擦拭镜头时还可能在镜面上划出伤痕，损坏镜头。此外，灰尘掉进机械活动部分时容易造成机械部分转动不灵活，甚至损坏。
4、生物显微镜防腐蚀
生物显微镜不可与腐蚀性酸类、碱类或挥发性强的化学药品放在一起，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片;若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。但由于进行中药显微鉴定时，经常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，防止液体流到载物台上，更不要沾到物镜上。
5、生物显微镜防震
生物显微镜是精密仪器，剧烈的震动会造成精密度的降低。要轻拿轻放，搁置要平稳，使用时动作应轻柔。
6、生物显微镜擦拭
机械装置如有污渍，可用干净的柔软细布擦拭;如果擦不掉，可用擦镜纸或细绸布蘸少量二甲苯擦拭。应注意不能用酒精、乙醚等化学品，以免腐蚀装置表面的油漆。拭去锈和油腻(不得用乙醇，因为这些溶剂会侵蚀油漆)，再用少许液体石服润滑;旋扭过紧不要强行扭动，以免损坏。
一般采用先吹、后刷、再擦拭的方法。吹，就是用吹气球(或用洗耳球)吹掉镜头表面的附着物，但不能用口直接吹气。吹不掉时，可用干净的专用清洁毛刷轻轻地刷。经上述两种方法处理后镜头表面仍有污物时，用擦镜纸稍蘸一点二甲苯轻轻擦拭。如果发现镜头发霉长雾时，可用擦镜纸蘸少许无水酒精和乙醚的混合液擦拭，但液体不能太多，停留时间要短，以免渗入镜头内部造成腐蚀。 油镜头每次用过后要及时擦拭，先用干擦镜纸擦一两次，把大部分介质油去掉，再用二甲苯滴湿擦镜纸擦两次，zui后再用干擦镜纸擦一次。
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