生物显微镜是用来观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养、流质沉淀等的观察和研究，同时可以观察其他透明或者半透明物体以及粉末、细小颗粒等物体。
1、严格按使用说明书规程操作，用完后应套好防尘罩，切断电源，养成良好的习惯。
2、移动生物显微镜时必须一手握显微镜弯臂，另-手托显微镜底座，禁止单手提着行走。
3、严禁私自拆卸显微镜上任何部件。
4、显微镜必须放在平稳的台面上，操作人员坐姿端正、自然、舒适，双目同时睁开观察。
5、每次显微镜使用前，不论物体大小，其顺序必须是先低倍后高倍，最后用油浸镜进行调试。
6、低倍调试显微镜时必须一边俯侧观察载物台上升，一边转动粗调螺旋，然后在目镜中观察升降载物台找到物体。用高倍镜和油浸镜时，绝不能转动粗调螺旋。
7、观察药液的标本，一定要加上盖玻片或放在培养皿里，并用滤纸吸去盖玻片周围溢出的水或药液，避免接触到显微镜镜头，造成镜头被腐蚀。
8、清洁显微镜金属等机械部分时。可用纱布略蘸酒精擦拭，清洁镜头等光学部分积尘时可用洗耳球吸去灰尘或用脱脂棉略蘸专用清洁液擦拭，决不能用手、布、粗纸等擦拭。
9、用完100倍油镜后必须用专用清洁液擦拭镜头。
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1、生物显微镜的安放应选择干燥清洁的房间，以避免光学部件发霉、金属部分生锈以及粘满灰尘。显微镜使用完毕后，即放回箱(柜)内，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操剂。
2、不要自行拆卸生物显微镜各部件；镜筒要插上接目镜或益上镣苗盖，避免灰尘从镜筒上部进入；透镜表面不要用手指碰触或拭擦，如有灰尘，先用柔软毛笔轻轻拂去，再用柔软的清洁细布拭撩，也可用擦镜纸蘸少许二甲苯或石油迷试擦，但注意不要在透镜表面划出条纹。如镜片有轻度长霉，用擦绕纸擦不去时，可用棉签蘸少许70%乙醇与30%乙迷混合液轻轻拭撩。
3、生物显微镜不可与腐蚀性酸类、减类或挥发性强的化学药品放在一起，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片；若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。但由于进行中药显微鉴定时，经常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，防止液体流到载物台上，吏不要沾到物镜上。
4、生物显微镜不应在直射阳光下暴晒，也不要放在靠近炉子或暖气的地方，以避免过剧的冷热变化引起透镜和机件的脱胶、变形或损坏。
5、清洁接生物显微镜物镜只限于外表面。接物面被药品污染后即用撩镜纸蘸少许擦镜液拭擦(不要用乙醇)；若背面须清洁时，可用柔软毛笔拂拭，或用皮吸头吸去灰尘。
6、转动粗细调比铝调焦时，动作要缓慢，不要压碎盖被片，以防接物镜和集光器受控击而损坏。
7、使用油镜后，须将镜头上的香柏油拭探干净(可用擦镜纸蘸少许二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能渗入镜头内部，否则二甲苯溶解透镜之间的粘合剂，可使镜片脱落)。
8、反光镜镜面要保护清洁，不要使水、二甲苯或香柏油透入，以免反光镜的水银脱落。
9、加机械部分不灵活，可用细绸布蘸二甲苯少钧：拭去锈和油腻(不得用乙醇，因为这些溶剂会侵蚀油漆)，再用少许液体石服润滑；旋扭过紧不要强行扭动，以免损坏。
10、有时在生物显微镜的视野中发现有污点或异物，可先转动目镜，如果这些污点跟着旋转，则可确定污点是在目镜上；否则，可移动标本片，如污点跟着移动，则污点是在标本片上。如果两者都不是，则污点是在物镜上，可先捡食物镜的前镜头，然后检查后镜头。根据不问情况进行清洁处理。
有时视野的一部分不清晰，这可能是物镜或目镜的前透镜表面有指印或灰尘，也可能是标本片做得不好或显微镜用法不当，如照明系统末调好等原因，应查明情况，分别解决。
11、生物显微镜用毕后，应将各部分擦拭干净，格接物镜转成八字形，然后将镜筒和集光器下降固定，再将反光镜的镜面置垂直的位置。
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