保持光学元件的清洁对于保证好的光学性能来说非常重要，当显微镜不用时，显微镜应当用仪器提供的防尘罩盖住。若光学表面及仪器有灰尘和污物，在擦清表面前应当先用吹气球吹去灰尘或用柔软毛刷去污物。
光学表面应当用无绒棉布，镜头纸或用专用的镜头清洁液沾湿的棉花签来清洁。清避免使用过多的溶剂，擦镜纸或棉花签应恰当沾湿溶剂但不要因为使用太多溶剂而渗透到物镜内，造成物镜清晰度下降及物镜损坏。
显微镜中目镜物镜的表面镜头最容易受到灰尘和污物及油的粘污，当发现衬度，清晰度降低，雾状发生时，则需要用放大镜仔细检查目镜，物镜前面镜头的状况。
低倍物镜有相当大的前组镜片，能用缠在手指上的棉布或棉签及擦镜纸上用乙醇沾湿来擦拭。40X、100X需多加小心地用放大镜仔细检查。高倍镜中为了达到高的平坦度，应用了一个有小曲率半径凹面的前组镜头，在擦拭这组镜头时用带有棉球的牙签或棉花签清洁。擦拭镜头表面要轻。不要过度用力和有刮擦动作，并确信棉签触到镜头的凹面。在清理后用放大镜检查物镜是否损伤，如果必须要去开观察镜筒，小心不要接触到镜筒下面的外露镜头，镜头表面如有手指印会降低成像的清晰度，用清洁物目镜的方法进行擦拭。
当显微镜使用100X油镜使用完时，请及时将油镜表面擦拭清楚并检查40X物镜是否沾上油，如有请及时擦清。使显微镜始终保持成像清晰。
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