对于气相色谱仪分析过程来说，其中的每一个步骤，包括样品采集、样品制备、进样、色谱分离、检测、峰面积或峰高测定等都可能会产生误差，从而影响到终的分析结果。下面来分析一下气相色谱仪分析过程中出现误差的主要因素：
1、样品采集和制备：样品的代表性是得到准确定量分析结果的前提，对于气体或挥发性液体样品，采集时要尽量避免样品组分的挥发损失；对于液体和固体样品，要注意样品的代表性和均一性。在样品制备过程中，要尽量避免或减少待测组分的损失，防止样品污染。
2、进样系统：进样的重复性会影响定量结果的准确度和精密度，不仅包括进样量是否准确，也包括样品在气化室是否瞬间完全气化，在气化和色谱分离过程有无分解和吸附现象，及分流时是否有歧视效应等。可以根据样品性质的不同，选择不同的进样器和进样方式以降低误差。
3、色谱条件：色谱分析中，色谱柱、柱温、载气等都会影响组分的分离，只有在组分能完全分离、峰形良好的情况下，色谱峰面积或峰高的测量准确度才会好。选择色谱柱和色谱条件时必须考虑样品在柱内或色谱系统内是否有吸附和分解现象，这必定影响定量的结果。
4、检测器：检测器的种类选择、灵敏度、线性范围、稳定性等，都可影响定量结果的准确性，色谱定量是基于检测器响应值与待测组分含量的线性关系，任何检测器的响应都有一定的线性范，超出这一范围，响应值与含量的关系将偏离线性，因此，要获得准确的定量结果，绝不能使进入检测器的待测组分含量超出线性范围。
5、峰面积或峰高的测量：色谱定量的基础是色谱峰面积或峰高，所以色谱峰面积或峰高判断和测量的准确性直接影响定量的结果。相对而言，用高定量对分离度的要求比用峰面积定量低。所以，在分离度低的情况下，宜用峰高定量，保留时间短、半峰宽窄的峰，其半峰宽测定误差相对较大，影响峰面积的测量，所以也宜用峰高定量。
气相色谱仪的工作的目的就是在一系列过程之后得出各种峰值。但是，如果设备出现故障的话，我们所得到的结果可能会出现偏差，像反峰就是比较常出现的情况。为了保证测量数据的准确性，需要及时的排除干扰因素。
我们所谓的反峰是指大部分峰为正向出峰，但一部分峰为反向出峰，或基线往负方向偏移。反峰会影响实验结果，需要按照一下几个步骤来进行处理和筛查。
首先，当我们在使用空气压缩机时，必须要检查确认反向出峰或基线往负方向偏移是否与空气压缩机的动作(空气压力不足时空气压缩机自动动作)在时间上是否同步。
其次，如果有较多水份进入离子化检测器时，火焰的燃烧状态短时间会起变化，伴随出现反峰(这不是异常)。如果是这个问题，则可以排除反峰的其他问题。
第三，检查各种气体的流量设置是否正常，以及是否存在漏气现象。这些都需要在每次实验前都应该仔细排查的，应该尽量避免因为这种问题而导致工作上的误差。
第四，我们还可以检查载气的纯度，如果载气里面有微量不纯物，而样品的纯度如果比载气的纯度高，就会出反峰。应该及时更换载气，保证纯度达标。
此外，造成出现反峰的情况还有：气路切换时有压力冲击，也会出现反峰，而此时我们就需要在气路中应加接稳压装置。防止压力冲击造成的气路波动影响实验结果。当然，在使用TCD时，如果载气和样品的热导系数过于接近，也会出现一部分或全部的反峰。
很多做色谱分析工作的新手常常会把注射器的针头和注射器杆弄弯，原因是： 1、进样口拧的太紧，室温下拧的太紧当汽化室温度升高时硅胶密封垫膨胀后会更紧，这时注射器很难扎进去。 2、位置找不好针扎在进样口金属部位。 3、注射器杆弯是进样时用力太猛，进口色谱带一个进样器架，用进样器架进样就不会把注射器杆弄弯。 4、因为注射器内壁有污染，注射时将针杆推弯。注射器用一段时间就会发现针管内靠近顶部有一小段黑的东西，这时吸样注射感到吃力。清洗方法将针杆拔出，注入一点水，将针杆插到有污 染的位置反复推拉，一次不行再注入水直到将污染物弄掉，这时你会看到注射器内的水变的浑浊，将针杆拔出用滤纸擦一下，再用酒精洗几次。分析的样品为溶剂溶解的固体样时，进完样要及时用溶剂洗注射器。 5、进样时一定要稳重，急于求快会把注射器弄弯的，只要你进样熟练了自然就快了。
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