电泳仪是精密仪器，在操作过程中要严格遵守操作规程，但不可避免会出现各种各样的故障，当仪器提示有故障时，应立即处理。
1、电泳仪通电进入工作状态后，禁止人体接触电极、电泳物及其它可能带电部分，也不能到电泳槽内取放东西，如需要应先断电，以免触电。同时要求仪器必须有良好接地端，以防漏电。
2、仪器通电后，不要随时增加或拨掉输出导线插头，以防短路现象发生，虽然仪器内部附设有保险丝，但短路现象仍有可能导致仪器损坏。
3、由于不同介质支持物的电阻值不同，电泳时所通过的电流量也不同，其电泳动速度及电泳至终点所需时间也不同，故不同介质支持物的电泳不要同时在同一电泳仪上进行。
4、在总电流不超过仪器额定电流时(最大电流范围)，可以多槽关联使用，但要注意不能超载，否则容易影响仪器寿命。
5、某些特殊情况下需检查仪器电泳输入情况时，允许在稳压状态下空载开机，但在稳流状态下必须先接好负载再开机，否则电压表指针将大幅度跳动，容易造成不必要的人为机器损坏。
6、使用过程中发现异常现象，如较大噪音、放电或异常气味，须立即切断电源，进行检修，以免发生意外事故。
一、电泳仪的输出达不到设定值
答：电泳仪的输出值状态遵“循欧姆定律”：电压U=电流I×（电泳槽）电阻R
电阻R相对不变的情况下，U、I、P（功率P=电流I×电压U）中任意1个参数恒定，其他参数也随之恒定;而任意1个参数变化，其他参数也随之正比变化。
如果电泳仪的输出电压U达不到预置值，应首先观察I或P是否已经恒定，或者已经达到电泳仪所规定的最大I或P（JY电泳仪均有明确指示灯标志）。如果尚未达到极限值，将已经恒定I或P的设置调大（有必要的话至极限值），才能够提高电压输出。
如果电泳仪的电流I达不到预置值，可调整电压U或功率P。
如果电泳仪的功率P达不到预置值，可调整电压U或电流I。
二、电脑控制电泳仪过压报警
（1）检查是否空载使用。
（2）是否电泳槽未加缓冲液。
（3）是否电泳槽铂金丝断。
三、过流保护
（1）是否存在电泳槽短路现象。
（2）缓冲液是否选错。
四、漏电保护
（1）是否有液体溅入仪器内部或输出接口上。
（2）是否有很多灰尘落入仪器内部。
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