荧光显微镜的技术应用对细胞结构或组分的定性位、半定量研究
1）免疫荧光技术
用荧光标记的抗体或抗原与样品（细胞、组织或分离的物质等）中相应特异性的抗体或抗原的方法称“直接免疫荧光技术（direct immunofluorescent technique）”。用荧光染料标记的第二、第三抗体等检测相应抗原抗体复合体的方法则称“间接免疫荧光技术（in direct immunofluorescent technique）”。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。
2）分子标记
利用绿色荧光的发光机制，可将GFP作为蛋白质标签，即利用DNA重组技术，将目的基因与GFP基因构成融合基因，转染合适的细胞进行表达，然后借助荧光显微镜便可对标记的蛋白质进行细胞内活体观察。
3）药物筛选
荧光探针分布是利用信号传导中信号分子的迁移功能，将一荧光蛋白与信号分子相偶联，根据荧光蛋白的分布情况即可推断信号分子的迁移状况，并推断该分子在迁移中的功能。由于GFP分子量小，在活细胞内可溶且对细胞毒性较小，因而常用作荧光探针。
在活细胞中的应用和发展
1885年，Ehrlich用亚甲基蓝作为第一个重要的活体染料，并阐明了它对神经组织的亲和性。吖啶染料是治疗锥虫的有效药物，Ehrlich用吖啶黄素对付老鼠体内的这种原生动物，并取得了显著效果。这种染料也因其能影响锥虫而被称为“锥黄素”。显微镜学家用明视野显微镜观察了这类染料和微生物体的结合。
荧光显微镜下的血涂片观察表明，染料和核酸及带血锥虫的基本部分有特异结合。20世纪30年代由于对化疗特别感兴趣，人们作了各种努力，试图确定染料在什么位置和动物及人体内的疟原虫结合。人们在荧光显微镜下发现，在所试验的各种荧光探针中，奎时因( quinacrine,即米帕林)在注射后的10s内能被循环淋巴液选择吸收。把吖啶黄素加到成纤维细胞培养液中，在显微镜下可看到，试验浓度下它能阻止细胞的分裂。用荧光吲哚碳花青染料标记脂蛋白可在体外研究动脉粥样化形成过程中脂蛋白的代谢。
通过这些研究，人们明白某些氨基吖啶能优先和细胞核成分结合。对这种结合机理的研究，导致了染料对核酸的亲和力的发现。这种强相互作用已被体外及低pH区固定细胞中的纯化核酸所阐明。
金相显微镜是专门用于观察金属和矿物等不透明物体金相组织的显微镜镜，它具有稳定性好、成像清晰、分辨率高、视场大而平坦的特点。
因其对被测物进行既定性又定量地进行分析，故对金相显微镜的校准工作必不可少。
金相显微镜的校准：
为了提高我国的材料研发制造水平，我们必须对金相显微镜进行校准或检定。金相显微镜主要分为光学式金相显微镜、数码金相显微镜、便携式视频金相显微镜、万能金相显微镜、图像分析仪等。
1、金相显微镜的溯源由于各种金相显微镜的用途不同，故其类型、结构及精度亦不同，因而溯源关系和方式也不同。通过不同的技术手段和方法，我们最终可溯源到“单刻线样板标准器组”和“0.01mm标准测微尺”标准器组。
2、金相显微镜校准项目的设立
（1）物镜场曲将一物镜安装好，将0.01mm标准测微尺放在工作台上并压紧；旋转调焦旋钮，将焦点调整在测微尺的中间，视场中心成像清晰，此时将千分表测头与工作台表面相接触并对好表的零位；
再次旋转调焦旋转，把焦点调整到测微尺的边缘，使视场边缘成像清晰。
观察千分表，其最大偏移量即为该物镜的场曲误差，其余物镜以此类推进行校准。物镜场曲误差的指标如下：10X<0.2mm、25X<0.1mm、40X<0.07mm、63X<0.065mm、100X<0.04mm
（2）物镜放大倍数的正确性装上10X标准目镜和被检物镜，将0.01mm标准没微尺放在工作台上并压紧。观察时测微尺应与目镜中的分划板相符合，其偏移量测是放大倍数的误差。其余物镜以此类推进行校校准，其误差不大于5%
（3）目镜分划板的准确度将带分划板目镜的镜头旋下，把分划板放置在万工显工作台上并调好焦距；调整工作台，使分划板的水平线与万工显纵向导轨行程平行并对好零位，按每20格测量一次，直到第100格，其误差不大于5um
（4）物镜成像清晰范围用被检物镜及10X目镜对测微尺或金相试样进行调焦，使成像清晰。当视场中心像清晰时，测得视场内的成像清晰范围的误差不低于60%
（5）各物镜相对于目镜的格值装上被检仪器的10X目镜，将0.01mm标准测微尺(推荐使用随机0.01mm测微尺)放在工作台上并压紧；
调整测微尺标尺轴线与仪器目镜分划板标尺轴线平行，并读出目镜分划板i条刻线里包含测微尺n条刻线数，该物镜相对于目镜的格值为：C=n/i*0.01mm.其余物镜的格值以此类推进行校准。
金相显微镜是是广泛用于冶金、机械加工、科技等行业的测量仪器。它可以测量金属材料金相组织奥氏体的晶粒度级别、材料热处理后渗碳层的厚度等。
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