一、更换载气及过滤器（捕集肼）
在钢瓶气压表压力低于2MPa时更换气瓶，根据仪器使用情况（一般使用了3～4瓶氦气）应更换过滤器（捕集肼）。
二、气路系统检漏
1、定期检查气路系统，观察从钢瓶总阀开始到离子源的每一个接头和结合部位，注意是否有泄漏点。
2、真空系统漏气，意味着系统外部的气体通过密封不当的部位进入系统里面，这和气相色谱系统漏气正好相反，MS系统是负压系统，不能用皂液检漏。最直接的方式就是观察真空指示是否达到需要的压强，或者借助一些经验的方法来判断。
3、检查应从GC-MS接口处查起，正常使用中漏气多是一些经常拆卸的接头密封垫圈（片）安装不当破损和老化造成的，或者是在安装的过程中接头处夹杂了异物，如进样口密封垫、玻璃衬管密封圈、毛细管色谱柱两头接口的石墨密封圈、离子源侧板密封圈等等。通过检查，确认问题所在，采取适当的措施，例如更换密封件，正确安装和使用。
三、GC-MS真空系统维护保养
为保证离子源中灯丝正常工作，保证离子在离子源中有足够的平均自由程，减少背景干扰与记忆效应，延长灯丝倍增器的寿命，增加灵敏度，质谱仪的真空系统应达到高真空（优于10-5mbar）状态，以满足离子源和分析器的工作要求。
四、机械泵系统的维护
要经常观察机械泵油面和油色，保证油面在安全工作范围内。定期打开气镇阀排除抽出的蒸汽而不致污染油质，油色变黄时要及时更换泵油，并定期更换机械泵吸附阱的吸附剂等等。
五、高真空系统的维护
高真空系统常见故障主要是真空室压力高，达不到正常工作需要的真空条件，原因多数是漏气、系统污染、脱气或载气流量太大。常见漏气的部位有两处，一是放空阀没有关闭，一是高真空仓侧面板结合不好。这种漏气主要是因为离子源打开清洗后操作不仔细造成的。因此，在每次清洗离子源安装完成开机前，一定要仔细检查离子源侧面板密封圈以及结合板，防止夹杂异物，并确保放空阀处于关闭状态，如果放空阀未关闭，则会在很短时间内污染离子源，并造成分子涡轮泵损坏。
六、进样系统维护
1、进样隔垫，进样垫常用的是红色和灰绿色的，红色是耐高温进样垫，灰绿色是低流失进样垫。更换进样隔垫时先将柱温降至50℃以下，关掉进样口温度和流量。隔垫更换时，注意进样口螺帽不要拧得太紧，否则橡胶失去弹性，针扎下去会造成打孔效应，缩短进样垫使用寿命。最上面的螺帽可以拧紧后，再松半圈。隔垫更换后做漏气检测“leak check”，确保“1eak check passed”。一般自动进样约100针后即应更换进样垫，手动进样还要少一些。
2、衬管，衬管应视进样口类型、样品量、进样模式等因素来选用。尤其是分流不分流衬管，注意不要混用。另外，衬管的洁净度直接影响到仪器的检测结果，应注意对衬管的清洁检查，更换下来的衬管用无水甲醇或丙酮超声清洗，惰性化处理后再继续使用。
七、仪器调谐
仪器一般在开机或质量轴发生偏离后，需要进行调谐，可启动自动调谐程序，每一项测试都应该通过Passed，如果未能通过测试，可查看详细信息，并查找原因。
八、清洗离子原
一般仪器在连续使用一段时期后，离子源会因为各种污染而不再洁净，因此当调谐报告显示EM电压过高时就要考虑清洗离子源。离子源清洗流程如下：放空→拆下离子源→打磨金属部件→分析纯无水乙醇超声清洗→色谱纯甲醇超声清洗→低温烘干→组装→开机前检查→抽真空。
清洗前一般要求如下：
1、涉及化学试剂的操作，应遵守所在实验室安全要求；
2、使用的水为超纯水，所有的试剂应为农残或HPLC级，玻璃容器必须是洁净无污染的，锡纸应经过溶剂洗涤的或火焰处理，清洗过程中需要进行必要的更换；
3、手套应为无纤维附着的干净手套，使用的工具应干净无污染；
4、开始清洗之前应准备好消耗品，例如灯丝、推斥极陶瓷片等；
5、如果是第一次清洗离子源，或者对清洗工作不熟悉，应认真阅读设备的说明书或影像资料，必要时应请仪器的维护工程师指导；
6、开始工作前，准备好记录纸笔或照相设备，记录拆卸过程和拆卸前的状态，确保清洗完毕后能正确安装。
九、离子源各部件拆卸
按照仪器的说明书和所附的影像资料拆卸离子源。所有陶瓷片、入口和离子聚焦镜绝缘体、离子加热块、螺母和灯丝都应该放置在一张干净的锡纸上，避免与任何溶剂接触。将金属元件分离开来有助于更加容易地清洗离子源。
十、离子源清洗后按装及检查
1、离子源清洗后，立即按照说明书认真组装各个部件，安装回质谱仪。检查灯丝及推斥极上的陶瓷片，确保无破损及裂痕；
2、离子源组装完成后，在关闭真空仓侧板前要仔细检查侧板结合面是否夹杂异物，以避免仪器运行过程的微漏气。开机之前必须确认放空阀关闭，避免仪器启动后很短时间内污染离子源并损坏分子涡轮泵，造成不必要的损失；
3、离子源只有在达到一定的真空度后才能开始升温。
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