色谱柱在使用中常见的问题就是柱压升高，如果柱压是在长时间使用过程中缓慢增加，属于正常现象。但柱压在使用过程中突然升高（系统管路堵塞及压力传感器故障除外，可能的原因有如下几点：
1、色谱柱头的过滤筛板堵塞或污染；
2、色谱柱头的填料被样品污染；
3、色谱柱内缓冲液中的盐遇到高浓度的甲醇或其他有机溶剂，形成结晶析出；
4、流动相ph值过大或过小使固定相结构破坏或溶解。
解决办法如下：
1、如确定是色谱柱头的过滤筛板被污染，可以将色谱柱反方向用甲醇冲洗至正常压力，或者卸下色谱柱头，将其放在10%的稀硝酸内超声清洗10分钟，后再用纯水超声10分钟，重新装入色谱柱。
2、如确定色谱柱头的填料被污染，将柱头螺丝卸下，挖出柱内前段被污染的填料，用相同的柱填料重新填入，仔细修复后，重新安装上柱头螺丝。
3、如确定定是盐结晶，用10%的甲醇/水冲洗色谱柱使柱内盐全部溶解，再换高浓度甲醇。
4、如果因ph值使用不当，很难恢复。
液相色谱柱是一种用于液体色谱分析仪器。
液相色谱柱的日常维护：
1、每次开机时，流速和柱压要逐渐增加，突然迅速增加，会使柱床受到冲击，引起紊乱，产生空隙
2、在进样前使色谱系统充分平衡，是否平衡可由基线加以判断
3、在进样前，检查色谱系统的各个接头，通常由此能发现是否有漏液现象。如有漏液，空气会从漏缝进入系统引起基线漂移，影响峰高和峰面积的重复性
4、不要把柱接头上得太紧，否则易损坏接头螺纹，引起渗漏
5、不要把柱子放在有气流的地方或直接放到阳光下，气流和阳光都会使柱子产生温度梯度造成基线漂移；如果怀疑基线漂移是由温度梯度引起的，可以设法使柱子恒温
6、若仪器用做常规分析，样品种类有限，但分析次数很多，则不妨为每一类常规分析配置一根专用柱，这样有助于延长柱寿命
7、如果怀疑样品会污染色谱柱，可以用合适的溶剂几百毫升、慢慢冲洗柱子过夜，第二天早晨再用流动相重新平衡柱子约3min、
8、在因装卸、更换、贮存等而挪动柱子时，动作要轻，不要使其受到碰撞，以免柱床因震动产生空隙或通道
9、柱要加标签，新旧分开，不要放在温度变化很大的地方
10、液相色谱柱柱子不用或贮藏时，应封闭并贮存在惰性溶剂中
色谱柱在使用前，可以进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为今后评价柱性能变化的参考。在做柱性能测试时要按照色谱柱出厂报告中的条件进行（出厂测试所使用的条件是较佳条件），只有这样，测得的结果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的样品、流动相、柱温等条件的差异而有所不同。
1、样品的前处理；
a、可以使用流动相溶解样品；
b、使用预处理柱除去样品中的强极性或与柱填料产生不可逆吸附的杂质；
c、使用0.45μm的过滤膜过滤除去微粒杂质。
2、流动相的配制
液相色谱是样品组分在柱填料与流动相之间质量交换而达到分离的目的，因此要求流动相具备以下的特点：
a、流动相对样品具有一定的溶解能力，保证样品组分不会沉淀在柱中（或长期留在柱中）；
b、流动相与样品不产生化学反应；
c、流动相的黏度要尽量小，以便得到好的分离效果；降低柱压降，延长泵的使用寿命（可运用提高温度的方法降低流动相的黏度）；
d、流动相的物化性质要与使用的检测器相适应。如使用UV检测器，可以使用对紫外吸收较低的溶剂配制；
e、流动相沸点不要太低，否则容易产生气泡，导致实验无法进行；
f、在流动相配制好后，一定要进行脱气。除去溶解在流动相中的微量气体既有利于检测，还可以防止流动相中的微量氧与样品发生作用。
3、流动相流速的选择
因柱效是柱中流动相线性流速的函数，使用不同的流速可得到不同的柱效。对于一根特定的色谱柱，要追求较佳柱效，可以使用较佳流速。对内径为4.6mm的色谱柱，流速一般选择1ml/min，对于内径为4.0mm柱，流速0.8ml/min为佳。
当选用较佳流速时，分析时间可能延长。可采用改变流动相的洗涤强度的方法以缩短分析时间（如使用反相柱时，可适当增加甲醇或乙腈的含量）。
注意：
a.含水流动相可以在实验前配制，尤其是夏天使用缓冲溶液作为流动相不要过夜。可以加入叠氮化钠，防止细菌生长；
b.流动相要求使用0.45μm滤膜过滤，除去微粒杂质；
c.使用HPLC级溶剂配制流动相，使用合适的流动相可延长色谱柱的使用寿命，提高柱性能。
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