在进行液相色谱仪分析实验时，流动相再进入仪器之前，必须使用超声波清洗机进行简单的除气泡处理，以防对泵造成损害，对检测结果造成干扰。若在检测过程中发现液相色谱仪恒流泵里有气泡，须及时进行排除，排除高压液相色谱仪泵中气泡的方法如下。
1、首先，检查流动相储液瓶中的溶剂过滤头是否阻塞。具体做法：将输入三通器上的溶剂塑料连接管的卸下，将流动相储液瓶置于高位，利用压差使溶液流出。如果溶剂流的很顺畅，说明溶剂过滤头是好的。如果是一滴一滴的流出，则说明过滤头阻塞，需要超声清洗，复原。
2、用堵头将仪器的高压液流输出口封住将色谱柱连在管路上、，可避免在抽液时将空气抽入管路内。将仪器所配的注射器及塑料连接管插到放空阀的导管上，逆时针旋开放空阀旋钮，抽液5-10mL，将泵的流速设定在每分钟一毫升的流速。启动泵，观察塑料连接管的流动溶液是否还有气泡。如没有气泡说明从过滤头到放空阀这一段已将气泡排除。
3、将泵关闭，将堵头从仪器的高压液流输出口去掉将色谱柱从管路上卸掉、使输出口放空。顺时针关闭放空阀旋钮，将泵的流速设定在3-5mL的流速，将泵内的阻尼器和压力传感器的气泡赶出，流出溶液10-15mL将泵关闭。连接上色谱柱，将流速设定在每分钟一毫升，启动泵，观察压力及压力脉动。
4、用水和异丙醇甲醇、交替冲洗泵的内腔，使吸附在内墙壁上的气泡赶出。
5、应用快速降压法赶出气泡：用小堵头将泵的流动相输出口堵上，将流速设定在1毫升/分，将柱前压力升至20Mpa左右，将排空阀快速打开，重复2~3即可。
1、反相柱
分别用甲醇:水=90:10，纯甲醇（HPLC级），异丙醇（HPLC级），二氯甲烷（HPLC级）等溶剂作为流动相，依次冲洗，每种流动相流经色谱柱不少于20倍的色谱柱体积.然后再以相反的次序冲洗。
2、正相柱
分别用正己烷（HPLC级），异丙醇（HPLC级），二氯甲烷（HPLC级），甲醇（HPLC级）等溶剂做流动相，顺次冲洗，每种流动相流经色谱柱不少于20倍的柱体积(异丙醇粘度大，可降低流速，避免压力过高).注意使用溶剂的次序不要颠倒，用甲醇冲洗完后，再以相反的次序冲洗至正己烷，所有的流动相必须严格脱水。
3、离子交换柱
长时间在缓冲溶液中使用和进样，将导致色谱柱离子交换能力下降，用稀酸缓冲溶液冲洗可以使阳离子柱再生，反之，用稀碱缓冲溶液冲洗可以使阴离子柱再生。
另外，还可以选择能溶解柱内污染物的溶剂为流动相做正方向和反方向冲洗。但再生后的色谱柱柱效是不可能恢复到新柱的水平的.如果柱子装反了，可以调回来，但可能会造成柱内担体塌陷.在不得已的情况下尽量不要反装色谱柱。
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