对于细胞来说，非常理想的培养环境同样也适合这些污染物的生存，培养箱本身是不会辨别的，而细胞培养中大部分时间里细胞都是位于培养箱内，因此箱体内能否抑菌或灭菌非常关键!
病毒：由于病毒寄生生存，爆发后尽快和正常细胞隔离，丢弃处理，相对来说容易处理，对操作者威胁较大;尽管病毒污染的细胞不影响原代培养，但生产疫苗是不安全的。因此，二氧化碳培养箱潜在病毒是细胞大量生产和疫苗、干扰素等生物制品制作中的难题。
真菌：真菌生长的比较慢，不象细菌那么容易被发现，但是一旦发现有它的存在细胞就被污染了;目前没有好的抑制方法，包括现在常用的两性霉素，一旦污染容易反复爆发，尤其孢子很难杀灭。
支原体：支原体污染后，因为它们不会使细胞死亡可以与细胞长期共存，培养基一般不发生浑浊，细胞无明显变化，外观上给人以正常感觉，实则细胞已经受到多方面潜在影响，如引起细胞变形，影响DNA合成，抑制细胞生长等，往往被大多数实验者忽视。
细菌：细菌污染后，培养基1-2天就会变色，对细胞生长影响明显，应迅速将污染细胞与其它细胞系隔离，灭菌后丢弃，还要用实验室消毒剂消毒培养器皿和超净台。
二氧化碳培养箱是通过在培养箱箱体内模拟形成一个类似细胞/组织在生物体内的生长环境。
二氧化碳培养箱的三个工作原理：
一、湿度的控制
因培养物需工作室内保持一定的湿度时，二氧化碳培养箱配有水盘。用户可在培养时将水盘放入工作室内，水盘加上适量的蒸馏水让其在工作室内自然蒸发，一般相对湿度可达95%。
二、温度的控制
二氧化碳培养箱温度控制器由铂电阻作为传感器与数字控制电路、LED数字显示电路等组成，当传感器输出与温度成正比的电阻信号转换成电压信号经电路放大后，一路送至显示电路显示实测温度。另一路送至比较器与设定值比较。当二者产生偏差时，触发可控硅功率管输出功率使加热管产生热量。当偏差减小直至为零时，其加热管发出的热量亦随之减小，直至停止加热。控制线路中有超温及水位报警功能。当显示温度超过设定值2.0℃时，温度控制器发出声光报警信号，同时切断输出，停止加热，防止温度继续上升；当水箱内水位过高或过低时，水位控制器发出声光报警信号，同时切断加热输出。仅水套式CO2箱具有水位报警功能！
三、气路的控制
气路由高浓度的CO2钢瓶、气泵、稳压阀、针型阀，电磁阀、流量计及储气瓶等组成。(高浓度的CO2钢瓶由用户自备)。当输入一定压力的高浓度CO2气体，通过调节阀、针阀及电磁阀的流量、时间控制，保证一定量的CO2气体进入工作室，达到自动控制工作室内的CO2浓度值。该值同时通过显示电路显示，便于观察了解。为方便用户在使用中进行浓度的监视和采样，在CO2箱的后背面装有采样、监视口。因采用了快慢速双重充气法，使CO2箱在开、关门后，工作室内的CO2浓度能快速恢复且无过冲现象。在CO2箱工作过程中，由储气瓶对工作室内进行补气，以保持稳定的CO2浓度值。
二氧化碳培养箱是通过在培养箱箱体内模拟形成一个类似细胞/组织在生物体内的生长环境，培养箱要求稳定的温度（37°C）、稳定的CO2水平（5%）、恒定的酸碱度（pH值：7.2-7.4）、较高的相对饱和湿度（95%），来对细胞/组织进行体外培养的一种装置。
二氧化碳培养箱的清洁保养：
1、取出所有隔板，隔板支架，以及所有附件、空气管道。清空水盘并用干净的无绒布擦干。
2、取出培养箱中的培养物。如果清洗时间不长，可以将其保存在干净，无菌的容器中，保持其温度。关闭培养箱，包括关闭供气阀。
3、记得清洗培养箱外壁，以消除可能进入的污垢和微生物。如果培养箱的顶部非常脏，当打开培养箱门灰尘很可能进入，所以清洁顶部是很重要的。用无绒布蘸温和的肥皂水。然后用干净的布蘸清水擦拭干净。用干净的干布擦干外面。特别要注意每个人都接触的门把手。不要使用任何液体或喷雾清洁剂清洁触摸屏显示器。而需要使用干的超细纤维布来清洁这些。
4、用蒸馏水冲洗箱体内壁和部件，并用干净的无绒布再一次擦干。
5、用稀释的季铵盐消毒剂擦拭内壁和部件。用70％酒精擦拭以除去任何剩余的消毒剂痕迹。再次强调，一定要擦到所有的角落，并记得安好门封条，更换内部零件。
6、加热培养箱，让培养箱完全干燥。这应该只需要花一点时间，所以不要让门开着—那只会重新引入新的灰尘和污物！
7、如果选配的培养箱具备自动消毒功能，请立即运行。在周期完成之后，用无菌蒸馏水填充储水器，并打开气阀。
8、用温和的肥皂水清洁所有的内表面，管道，隔板，隔板支架，内门，风扇和门封条。使用温和的洗洁精擦拭，去除所有隐藏的角落和缝隙中污垢、灰尘。圆角设计的培养箱更利于清洁工作。
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